“消失”的“两会”提案
几乎与佟屏亚同时，辽宁省丹东农科院的研究员何晶也发现了良种补贴的问题。当地很多农民向身为全国人大代表的何晶反映，“现在的良种补贴是老百姓和种子企业都得不到好处，好处全被主管部门得了”。
2月19日，她通过电话告诉《投资者报》记者说：“良种补贴还是直接发给农民好”。
一些种子专家和何晶的观点一致，“农业部没有必要替农民选择良种，农民买哪个品种，哪个就是良种”。因为地区环境差异很大，适合这个地方的种子就不见得适合其他地方，适合大面积耕种的良种，到了农民一家一户的小规模种植就不适合了。
何晶在2007年全国“两会”期间提出良种补贴直接发给农民的人大议案，当时就有农业口的人打电话给何晶，施加压力，要求撤回这个提案。
“他们可能耐了。”何晶说，交上去的议案，他们都给要回来了。回到丹东不久，就有农业系统的官员来找她，问她为什么这么多问题不关注，单单提农口的意见，最后对何晶说：“农口得点钱不容易，反正都在农口花，不管花好没花好，就别提了”。
当年除了何晶，提过良种补贴直补农民的议案，还有四川南充农科院玉米研究室主任崔富华。
2月19日，崔富华通过电话告诉《投资者报》记者说，今年肯定还有良种补贴的议案，因为“现在有的公司拿了钱，却给农民坏种子，这是对农民的不负责任”。
她说，现在最好的办法就是把良种补贴直接发放给农民，让农民拿发票来报账，优惠20%到30%，这样不但方便而且农民可以自己选择种子。而现在的良种补贴招标，“里面容易出现回扣等腐败问题”。
基层农业系统的干部，也对现行良种补贴政策颇有微词，辽宁省丹东市农委种子管理处处长李世良形容现在的良种补贴是“三个不高兴”，农民不高兴，种子经销商不高兴，种子生产商也不高兴。
“良种补贴本来是件好事，但在执行中出了问题”，李世良告诉《投资者报》记者说，关键是优良品种要农民自己选择，不能由政府定，种子的区域性很强。现在都是政府操作行为，良种补贴款直接从省里拨到县里，选什么品种做良种县里决定，有的公司把挤压的陈旧的种子，作为良种卖给农民。
农业部2008年6月1日在东北开调研会，研究良种补贴问题，李世良在这个会议上说了上述这番话。后来有农业官员表示，李世良“话说得重了”。
在2008年“两会”上，批评良种补贴的议案不见了。何晶带了一个辽宁省里的提案，也是有关良种补贴的，但是内容变成了呼应国家对大豆全面补贴，辽宁省大豆种植240万亩，农业部只补了80万亩。
存疑的推广费用
和农业官员就良种补贴问题交锋了几次，退休专家佟屏亚才发现双方是两个不同的话语体系。
佟屏亚认为良种补贴是天经地义要补给农民的，而农业部的官员认为良种补贴的全称是“良种推广补贴”。佟屏亚认为，奥秘就在于推广这两个字，钱是给农业部用作推广的。
《农民日报》在2007年4月发表文章称，“良种补贴，即良种推广补贴，是中央财政扶持种粮农民选用优良品种及配套栽培技术的资金补贴。”
全国人大代表何晶告诉《投资者报》记者说：“我要求把良种补贴直接发给农民，农业部门却说他们的行政办公费用很高，要用纸打印宣传，要坐飞机跑项目，还要请相关部委的人吃饭，花费很多。”
“钱都花在这个上面，其实要是直接给农民，不就用不着这些花费了吗？”何晶说。
佟屏亚难以理解的另外一点是，他认为良种补贴是一件为农民做的好事，而农业官员认为这个好事的前提是“部门跑下来的项目”、“是农口的钱”。“有了项目，自然就有了项目管理费和服务费，这些费用都可以用作包括出国考察在内的日常办公开销。”
在2006年与三位农业官员的会面中，一位农业官员说：“佟老师，我们下面比较穷，这事情搞的是良种推广补贴。”
“这才是关键，为什么这么几年来，就改不过来。”佟屏亚告诉《投资者报》记者说，中央领导批示后，农业部只是把发良种补贴券改为招标种子经销企业了，换汤不换药。良种补贴是农业部的项目，如果直接发给农民，“钱就不经他们的手了”。
佟屏亚在给中央领导的信中写到，基层农业局重新成为了垄断经销商。农业部实施的良种补贴统一供种，创造了垄断经营的条件，有些地方县农业局亲自供种。例如安徽省的临泉县、利辛县、界首市等农委，让种子企业直接送种到村，农委印制良种补贴专用三联“销售凭证”。
农业局对良种补贴近乎官办官营的做法，涉嫌扰乱市场正常秩序。有些种子公司会跑关系，能够拿下良种补贴项目，甚至把不合格的种子卖给农民，因为有了补贴之后就可以定低价，“这就直接影响了市场，因为有了两个价格”。
丹东农科院何晶研究员说，现在种子公司，得不到良种补贴不赚钱，得到了也不赚钱，比如我们有3000万吨的种子，只有1000万吨补贴指标，你也不能卖两个价，剩下的2000万吨，就需要自己拿钱补贴。
服务费与种子空转
据了解，部委跑下来的项目，惯例上都可以留取0.5%到1%的资金作为管理费。而一位农业官员对管理费的说法十分紧张，他对佟屏亚说：“管理费没有，只有一点工作费。”
而在基层农业局的良种补贴实施中，出现更多的是或明或暗的服务费。
一位河南新乡种业公司负责人告诉《投资者报》记者说，现在有的县都要求种子公司每斤种子上缴3到8分钱的良种补贴服务费，但河南省政府已经给各个县下发了5万元到40万元的相关办公经费。
“这里面有问题，并且农业局收服务费后没有服务。”他说，还有不公开的服务费，比如在2006年，商丘市各农业局局长每亩私下跟企业要一元钱服务费，一年后涨到了两元钱。
“这算不算是索贿？”上述种业公司负责人对《投资者报》记者说，有个局长直接到我办公室跟我要钱。还有豫东地区某区一个姓任的局长，2007年，他专门通过别人，跟我要每亩地2元钱；民权县还有一个退休的农业局长，通过别人给我拿来2万亩指标，除去每亩五六分钱的服务费外，另外他自己还要求一斤种子要一毛钱。
2008年，在河南一次种业座谈会上，一老板说到激动处，不禁失声。
良种补贴中另外的一个现象就是种子空转。
黑龙江省同江市一位主管农业技术的副乡长对《投资者报》记者表示，所谓的大豆良种补贴，都是县农委指定两三家种子公司来完成补贴，不过，这些补贴的良种，基本上都是商品豆，根本不是种子，销售价格比市场上的商品豆还便宜2毛到4毛钱，多数农户就是到指定公司购买“良种”后，卖到市场上，赚取差价。
“在同江市能够经营良种补贴的公司，与农委主管领导关系特殊。”他说。
除此之外，还有一种被称为 “倒流”的办法，来赚政府的良种补贴款。比如在某地棉种的良种补贴中，棉办给农民每亩一元钱，让农民签字，造出棉花种植的虚假亩数。然后从A公司购买相应亩数的棉种，因为根本没有这些棉花种植亩数，这些棉种就积压在棉办和乡镇，而后再把这些棉种卖给中间商B公司，一进一出就套取每斤七八元的良种补贴款。
一位河南省当地知情人士称，2008年，河南省报的棉花补贴面积是593.6万亩，实际补贴棉面积200万亩。这个数字是他通过走访各县获得的，现在河南就三个产棉区，商丘、南阳和周口。比如，民权县报的面积是30万亩，实际上不超过5万亩，周口市扶沟县报60万亩，实际连10万亩棉花都种不了。
不过，这个说法尚未得到当地官方证实。
近几年来，随着良种补贴力度的加强，农业系统内落马的贪官也随之迅速增加，有的甚至出现了窝案。佟屏亚在给国务院写信后，甚至有专管农业系统的纪检人员登门来寻找腐败线索。
据知情人介绍，近两年来安徽、河南等地县市地区相继有农业系统官员涉嫌良种补贴问题而案发落马。
