北京大学生命科学学院林忠平教授在植物基因工程研究中，注重生物技术应用的安全问题。他认为，生物技术的利用，要有利于生物多样性的保护，只有保护基因资源的多样性，才能保护生态环境——
保护生态环境是植物生物技术的重要课题。北京大学生命科学学院林忠平教授领导的农业分子生物学实验室，在植物对逆境胁迫的抗性基因工程、植物生物反应器生产药用蛋白、植物次生代谢的基因调控、转基因食品的致敏性评估等方面，研究取得了诸多成果，其中一些成果具重要和潜在的应用价值。
早年毕业于北京大学生物系并考取中国科学院植物研究所研究生的林忠平，长期从事细胞生物学和分子生物学研究。曾任课题组组长、基因工程中心主任。1995年调入北京大学蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室，主攻分子生物学和植物基因工程研究。
林忠平教授早期研究植物分子生物学，最成功的是灵芝人工培养技术和药效，著有《灵芝》一书，并推动这一传统药物的应用。他积极承担国家973、863高技术研究计划生物技术领域中的课题和国家重要科研项目，荣获两项省部级科技进步二等奖和多项其它奖，还有多项科研成果通过省部级成果鉴定。为使科研成果转化成生产力，他在教育部和学校的安排下，多次到开展对口支援的新疆推广生物技术的实际应用。他领导的实验室还同一些农林业产业公司建立了长期良好的合作关系。他经常开展青少年科普工作，还指导残疾学生学习高端的生物技术。
目前，他所领导的北大农业分子生物学实验室，在提高植物对逆境胁迫的抗性方面，开展了克隆耐旱、耐寒相关基因，提高植物对不良环境的抵抗力的研究。将某些基因导入草坪草、棉花、玉米都已获得成效。他还在新疆、东北等旱区和高寒地区拓展农业生物技术应用。在探索植物与环境之间复杂关系中，发现植物和内生菌基因组之间的信息交流对于植物的抗逆性是十分重要的。这方面的研究对于促进植物对环境的适应有很大帮助。
林忠平教授从事植物基因工程研究多年。他认为，基因是演化过来的，基因在变化之中。在生物系统发育和个体发育中基因是变化着的。在一个种群中，不同个体的基因也是有差异的。人类对基因变化的干预不是从基因工程的应用才开始的。他不赞成过分渲染基因工程的危害，而反对基因技术的应用。他强调生物的多样性是非常珍贵的资源要大力保护，认为环境保护重要着力点应是生物多样性的保护。他认为，人口剧增和城市化发展加速的今天，对生物多样性的保护尤为重要。生物多样性不仅保护了基因资源的多样性，也保护了生态环境的健康发展。生物安全性研究不应局限于转基因作物的安全性研究。人类的农业历史就是生物资源和基因资源利用的历史。人改变了许多动植物的基因，改变了它们的遗传特性。人类的发展和经济的提升必然涉及人对于生物物种的改良。林教授利用基因操作技术控制某些植物的代谢途径，促进某些植物的器官积累对人有用的成分，例如大豆异黄酮、白藜芦醇这些对人有保健价值的成分。他还利用植物和某些真菌作为一种生物反应器，用来生产某些药用多肽。其中包括人的胰岛素、免疫调节蛋白。目前已有一些动物试验的结果证明植物和真菌反应器的产物有着很好的应用潜力。
林忠平教授十分注重生物技术应用中的安全问题。他认为，高新技术的应用一定要有利于生物多样性的保护，在做遗传改良的时候，还要考虑人类食品的安全。在科技部973项目的资助下，他的实验室在生物技术安全性研究方面，出色地完成了关于转基因作物潜在的致敏性的研究。这项研究就是考虑到某些人群对某类食品会产生过敏。他认为，做基因转移时就要考虑新转入的基因会不会导致植物中新的蛋白成分可能引发的致敏性，还要对转基因产品中新的致敏性的变化作出评估。林忠平还主张利用生物技术，包括用转基因技术来进行环境的净化。利用高新生物技术可以创造新的绿色环境。他举例说，他的实验室利用转基因技术可使植物耐受低氧的环境，从而提高了净化环境的能力。他认为，利用生物处理污水、污泥是应当着力发展的。
