同年10月底，卫生部向WTO通报，计划撤销《食品添加剂使用卫生标准》中对过氧化苯甲酰在小麦粉中的使用许可。两个月的通报期中，卫生部只收到美国的反馈，“要求提出科学依据”。迄今，美国允许面粉中添加过氧化苯甲酰，而且未限量。
此后，情势逆转。
卫生部提出了诸多反对禁用的理由，认为按我国标准规定的过氧化苯甲酰使用量，不会造成人体健康危害。还认为，国际食品法典委员会允许使用，美国等国也允许使用。同时，卫生部还提到，食品添加剂标委会、食品添加剂行业协会和小型面粉厂，也以不影响人体健康为由反对禁用。
反禁方的科学依据出自联合国粮农组织和世界卫生组织所属的食品添加剂联合专家委员会(JECFA)。JECFA对过氧化苯甲酰的评价是：过氧化苯甲酰在人用小麦粉的允许处理量为0~40mg/kg(特殊条件下为40~75mg/kg)的ADI值。ADI值即“依据人体体重，一生摄入一种食品添加剂而无显著健康危害的每日允许摄入量的估计值”。
此后，郑州海韦力食品工业公司为代表的数十家食品添加剂企业联名反对禁用，国标委将小麦粉新标准草案的批准延搁了下来。
其实早自2000年，这一在每公斤面粉约占两三厘钱成本的添加剂，就在业内引起无数争议。
以国内面粉龙头企业、中国粮食行业协会、国家粮食局为主的主禁方一致认为，过氧化苯甲酰仅改变面粉外观，却有“致癌作用，欧盟等国已经禁用”。还破坏了面粉中叶酸等微量营养素，增加人的肝脏负担。
据张铣、刘毓谷著的《毒理学》称，苯甲酰过氧化物是一种“促癌物”，“不单纯有致癌作用，同时亦具有引发作用”。
深圳海川食品研究所所长刘梅森博士说，由过氧化苯甲酰在面粉中分解的苯甲酰、苯甲酸、苯酚等，在肝脏内解毒。对于肝功能衰竭的人和肝功能损伤患者，因其生物转化机能减弱，解毒能力差，食用含有超量增白剂的面粉显然是不适宜。即使对于肝功能健全的人，长期食用含有超量增白剂的面粉，也会造成苯慢性中毒，引起神经衰弱、头晕乏力等。刘是深圳市专家工作联合会食品工业专家、深圳市标准化专家库专家，享受深圳市政府特殊津贴专家。
2003年，山东省青岛市疾控中心和卫生局卫生监督所杨新美等人作的实验证明，过氧化苯甲酰确实破坏面粉中的叶酸。2004年的世界卫生组织和卫生部联合发布的报告认为，因为缺乏叶酸，全国每年有近40000名缺陷儿出生，高危人群在北方。中国北方，正是面食的主要地区。
反对禁用方以食品添加剂企业、食品添加剂标准化委员会、卫生部为主。
郑州海韦力食品工业公司董事长郭士军主认为：“经过JECFA评定的，一般来说都是非常安全的。”
但主禁方几乎一致地认为西方是动物性食物结构，肉食为主，粮食为辅，而我国是植物性食物结构，主要营养摄取来自粮食，北方地区以面食为主食。JECFA以西方人为研究对象，数据不适于我国。
这一观点得到了中国毒理学会主任委员韩驰的认同。她介绍国外并不以JECFA为唯一标准，那样的标准不一定适合中国，因为“生活方式、环境、饮食习惯、体内的基因状况都不一样”。
卫生部在反对禁用的理由中，还认为禁用过氧化苯甲酰会引致贸易壁垒。但商务部世贸司参赞张德禄告诉南方周末，禁用“不构成贸易壁垒”，只要是不安全的食品问题，“各国可根据情况来制订标准”。
至于美国未禁用增白剂的说法，全国政协委员、中国肉类食品综合研究中心总工冯平介绍，美国从1941年起就施行强化面粉标准，美国80%的强化面粉不加过氧化苯甲酰。某大型面粉企业副总经理介绍，美国在华著名企业食品公司麦当劳、卡夫等，要求他们供粉时都不加过氧化苯甲酰。
对于为何不允许在面粉里添加过氧化苯甲酰，卡夫(中国)食品公司和麦当劳(中国)有限公司均在接受南方周末采访时强调：“我们不只是要求中国的面粉供应商不添加过氧化苯甲酰，而是要求全球的。”之所以如此，是“出于保障消费者，食品安全的考虑”。
美国的情形到底如何？南方周末记者采访了美国食品药物管理局 (FDA) 新闻官Michael Herndon。他介绍过氧化苯甲酰被列入“通常认为安全”的物质。FDA对过氧化苯甲酰的解释为：“在现行《良好生产规范》的情况下，该物质在食品中可无限量使用。该成分被作为食品漂白剂，用于面粉、牛奶等。”
不过，FDA的不限量并非不加节制地使用。“FDA认为根据目前的科学研究结果，在正常使用量下对人体没有危害，就不限量。如果有了可靠的实验结果证明在这个正常使用量下有危害，或者因为这样的面粉而导致病例，FDA就会修改规定。”一位在美国从事食品工程研究的博士告诉南方周末记者。
中国食品添加剂标准化技术委员会主任、中国工程院院士陈君石认为，问题根本不值得争论。陈还担任卫生部食品卫生专家咨询委员会主任、卫生部食品卫生标准分委员会主任等职，
