不过，任何技术都可能有利有弊。大棚让老百姓一年四季都吃上了新鲜果蔬，改善了生活，促进了健康；但同时也有些需要改进的地方。“好看不好吃”便是最重要的一点，采访中，很多人这样抱怨。北京蔬菜研究中心高级农艺师张宝海接受《生命时报》记者采访时，道出了原因。大棚菜接受阳光不够。露天种植的果蔬，光照充足，光合作用强，其矿物质含量很丰富；相反，在大棚里种植的果蔬，通风不好，光照不够，使表面水分蒸发，从土壤中吸收的矿物质也随之减少，营养也降下来了。
没熟就采摘，然后用化学制剂催熟。有些菜农为提前果蔬上市时间，西红柿还半生着就摘下来，用“乙烯利”一喷，表面会很快变红；种瓜基本由人工授粉改用“坐瓜灵”，长得快，产量高，但稍不当就变味，甜瓜发苦就是这个原因。菜农老王直言，“早摘下来的瓜果，甭管口味多差，照样能卖个好价；可等瓜果大批量上市后，就算再好吃，价格都差不离。谁家都这样，为了多挣钱，我们根本顾不上好不好吃，不然本都收不回来。”
有机肥减少。过去种地都上农家肥，种出来的菜好吃有味。而现在为求高产，农民们往往猛追化肥，上氮肥过多。老王承认：“现在有机肥贵，都愿意施氮肥。用多了，土地的劲越来越小了，所以菜不好吃。我们自己家就不吃大棚菜，单辟一块地另种。”
多选用抗病高产品种。如以前的西红柿皮薄、味浓，但易裂果，现在为了好运输、方便保存，就选用硬肉的种子，口感差了不少。
正因为种种“高科技手段”的运用，使得“大棚果蔬的营养价值远不如从前了”。中国疾病预防控制中心营养与食品安全所食品科学技术室主任霍军生发出这样的感慨。同时，国外一项调查显示，现在西红柿的酸甜度值是2.77，比过去损失了近15%；维生素C含量比30年前下降了17毫克。食品专家的测量结果则表明，大棚蔬菜所含叶绿素、维生素C、糖分、矿物质、钙等营养成分都比露地菜低，而有害物质亚硝酸盐、砷的含量却上涨了。
不只如此，果蔬中添加的化学激素还可能引起儿童性早熟，破坏成人肝脏、肾脏等器官，甚至可能致癌。
