农业科技创新是促进现代农业发展的科技支撑，也是落实中央1号文件提出的“积极发展现代农业扎实推进社会主义新农村建设”的科技支撑。要促进农业科技创新，首先必须深化农业科研和技术推广改革。
我国农业科研体制自上世纪80年代中期以来，经历了两次大的改革，包括90年代末开始的新一轮改革。改革本身暴露出一些深层次的突出问题，主要包括如下几个方面：
首先，农业科研改革定位不准确，社会公益性和商业性依然混淆不清。改革过程中，出现两个极端，一个是提出“企业是农业科技创新的主体”，搞“一刀切”和盲目市场化，把商业性较强的研究所在短时期内整体推向市场，转变为企业，这明显不符合现阶段的国情；另一个是确定为公益性研究所的公益性的职能没有得到明显的强化，部分研究所甚至在公益性研究所的牌子下，强化了其商业性的职能，导致大家都想从市场捞好处。
其次，科研体系配套改革政策滞后，科研机构激励机制不足。社会保障制度等配套改革滞后和改革缺乏足够的资金已成为目前农业科研体制改革难以深化的重要原因。改革缺乏足够的资金投入，使人员难以分离，使优秀研究群体难以形成，使科研机构的有效激励机制难以建立。
第三，项目重复问题依然严重，科研与农民技术需求严重脱节。科研立项常常受主管部门利益和部分科学家个人偏好和主观意识所影响。
第四，农业科研缺乏长效的投入机制，总量投入依然严重不足，投入结构严重失衡。到2005年农业科研投资强度(农业科研投资占农业国内生产总值的百分比)依然仅为0．56％，远低于全国所有行业科研投资强度的平均数(2.87％)。在农业科研投入中，政府财政对农业科研的拨款为108亿，政府的投资强度为0．47％，低于政府对全社会科研的总投资强度0．66％。同时科研资金投入结构失衡，竞争性的项目投入比例偏大，过度依赖竞争性项目必然造成如下一系列后果：研究方向每年随课题的改变而改变，长期发展的战略性规划难以落实；单位间难以形成长期的科研大协作，难以形成重大研究成果；科研人员忙于申请项目和应付各种检查或汇报，从事科研的时间和效益显著下降，并难免出现急功近利的现象。
农业基层技术推广体系目前存在的问题可归纳为六个方面，即投入不足、定位不清、体制不顺、缺乏激励、知识老化、方式落后。而投入不足是其它5个问题的直接和间接的原因。
深化农业科技体制改革，需要明确现阶段农业科研创新主体，强化农业公共科研单位的公益职能，逐渐培育现代农业科研企业。同时，要加快科研配套改革政策的出台，建立有效的激励机制，提高科研人员积极性。建议成立由主要部委、各省农业主管部门和部分科研院所组成的国家农业科技委员会，负责协调国家各部委、国家与地方、各省之间的农业科研重大计划。
基层农业技术推广体系是实施科教兴农战略的重要载体，针对基层农业技术推广体系存在的一系列问题，最近国务院签发了《关于深化改革加强基层农业技术推广体系建设的意见》。然而，我们最近对部分基层农业技术推广体系的调查显示，各地落实这一文件力度相差很大，有些省份根本就没有什么动作，不少地方文件甚至还没有传达到县级政府。改革需要各级领导的高度重视，光靠农业部门是难以进行下去的。
