奶牛单产水平不高我国奶牛群体质量水平不高，纯荷斯坦牛比重不足1/3，其他为杂交改良牛或肉乳兼用牛等。全国平均产量不足3500公斤。良种奶牛的牛源严重不足。
奶牛大量引种所带来的问题近几年各地从国外引进奶牛存在一定的盲目性，大量奶牛引种所带来的主要问题是，奶牛质量有下降的趋势。由于疯牛病问题，目前只能从澳大利亚和新西兰进口奶牛，澳大利亚和新西兰牛群小，选择性就小。此外，从澳大利亚进口的奶牛绝大多数没有系谱。
饲料饲草生产、加工与保存体系建设滞后某些刚刚开始养奶牛的地区，在奶牛生产系统中，普遍存在饲草饲料生产、加工与保存体系建设滞后的问题。少数农户饲养奶牛所需的专用饲草饲料种植基地极少，因此缺少优质牧草和青绿饲料，奶牛产奶的遗传潜力不能充分发挥。
奶品加工企业规模小除近500家初具规模的乳品加工企业外，目前多数加工企业日处理鲜奶能力在50吨以下。规模愈小，其效益愈低。此外，一些小企业的加工设备与工艺落后，质量管理水平低，生产效率低下。
产业化程度不高目前，饲养奶牛的农户仍以分散饲养为主，产业化组织程度低，小生产与大市场的矛盾依然突出。尽管近年来涌现了一批龙头企业，但与国际知名大企业相比，其规模与实力的差距甚远。相当部分奶牛饲养者没有与加工企业建立牢固而稳定的契约关系，两者之间的利益矛盾频繁发生。
质量标准和监控体系建设滞后目前，我国原料奶生产仍以手工挤奶为主，导致原料奶质量不稳定。同时，我国现行原料奶、乳制品质量标准不健全，独立于买方和卖方的第三方质量监测还没有开展起来。还有，在保鲜、储运、包装等环节不尽规范，也影响了鲜奶及乳制品的质量。这些都不利于乳品质量、生产效益和食品安全的提高。
