安徽阜阳劣质奶粉事件发生后，遵照温家宝总理的重要指示，国务院迅速派出调查组赶往阜阳市，会同安徽省政府展开全面调查。截至目前，国务院调查组已基本查清阜阳劣质奶粉的致病原因、危害范围及其生产源头、销售渠道和销售范围等。
经国务院调查组核实，阜阳市因食用劣质奶粉造成营养不良而死亡的婴儿共计12人。
国务院调查组调查证实，不法分子用淀粉、蔗糖等价格低廉的食品原料全部或部分替代乳粉，再用奶香精等添加剂进行调香调味，制造出劣质奶粉。
经初步调查，阜阳市查获的55种不合格奶粉共涉及10个省（自治区、直辖市）的40家企业。这些劣质奶粉主要通过郑州万客来市场、合肥长江批发市场、蚌埠市太平街新市场、阜阳元丰市场等批发市场和生产厂家批量购进并批发到各县（市）。
截至目前，共抽检各类奶粉586组，扣留、封存、暂停销售奶粉10多万袋；立案查处涉嫌销售不合格奶粉案件39起，打掉生产及分装窝点4个，刑事拘留47人，留置审查59人，宣布正式逮捕31人，依法传讯203人。
