第一，卫生部仅受理和审批２２项与人体健康相关的保健功能的申报，而且由最初的同一产品可至多申报３－５项功能改为只能申报１－２项保健功能，使得理论依据不同、配方组成不同、原创设计不同、功效用途不同的产品都挤入这２２项“功能箱”内，简单而程式化的产品使用说明书和包装标签的文字规定又近乎“千人一面”，使产品经营从申报开始就进行着同质化竞争。
据卫生部统计分析，在已批准的保健食品中，７０％以上所申报的功能集中在调节免疫、调节血脂、抗疲劳、改善胃肠道功能、延缓衰老、耐缺氧、改善睡眠、调节血糖、减肥、补钙等方面。如此高度集中的保健功能和极其简单的产品说明，很难体现出产品差异和科技含量。对于像保健食品这样需要靠大量信息传播和信息识别才能有选择性地自费购买和食用的非生活必需品，其生存空间变得更为局限。
第二，占申报品种总数７０％以上的保健食品，是依据传统中医药理论组方配制而成的。中医药学是具有中国特色的生命科学，但卫生部允许保健食品配方中加入的中药成分仅有８７种，加上允许用于保健食品的动植物原料１１４种，总共才有２０１种。这就使得中国丰富的中药天然资源和５０００年的医学实践成果不能更多地应用于当代的保健事业，也不能更好地服务于人类日益增长的健康需要，同时还限制了企业的源头创新，在一定程度上注定了企业的恶性竞争。
第三，中华民族的传统医药养生讲求“药食同源”，讲求疾病“三分治、七分养”，以人为本，扶正固本，注重整体效应和稳态调节，促进人体的自我痊愈能力。中国目前所实施的保健食品评审技术标准是基于现代医学体系下的思维模式和专业背景，因此不能充分地体现出中华民族５０００年的传统养生文化和医学实践成果。
西方保健食品功能靠的是成分明确而作用相对单一的功能因子的靶子效应，中国保健食品靠的是中药复方组合的生物多样性的整体调节作用。在一场“中国武术”与“西方拳击”的比赛中，以西方拳击规则来裁决中国高深的武术功夫，显然是不科学的，更是不合理的。
中国保健科技协会秘书长朱康年说，保健品合法化存在的认知已成为全球性的共识。为维护健康产业的立足基础，一些发达国家均制定了产业振兴方案，规定政府必须制定相关法案以创造出良好的投资环境，产业界必须肩负起提供优良商品的社会责任，学术界则有义务提供相关的科学证据供决策单位参考并有效地应用到保健产品中。这一经验值得借鉴。 （记者孙浩 朱旭东）
