如何在企业中实施HACCP计划，食品法典委员会CCFH机构和美国微生物标准咨询委员会NACMCF推荐采用以下12步骤来实施：组成一个HACCP小组；产品描述；产品预期用途；绘制生产流程图；现场验证生产流程图；列举所有潜在危害CCPS，进行危害分析，确定控制措施；确定CCP；确定每个CCP中的关键限值；确定每个CCP的监控程序；确定每个CCP可能产生的偏离的纠正措施；确定验证程序；建立记录保存程序。
HACCP是控制食品安全一个体系，为有效实施这一体系，必须成立一个HACCP小组，小组组长由管理部门正式指定或聘请，作为小组组长应具备：在食品生产过程或处理方面有实际经验；有微生物学及食源性疾病的基本知识；对良好的环境卫生、良好的操作规范以及工业化生产的理解；对化学危害及物理危害的基本理解；对食品厂内的设备及控制或消除潜在危害的理解；有效表达这一知识的能力。小组的成员包括来自研究开发、质量控制、质量保证、机器、生产、收件、存货、船运以及购买的人员，小组成员必须全力以赴投入这项工作的准备。小组组长应保证其小组的成员及他们的支持者完全理解HACCP及其原理，HACCP小组的最终目的是为整个生产中即所有的产品与生产线制定一个HACCP计划。
产品描述———HACCP小组必须详细介绍每个产品，这一介绍应包括产品配方，如何生产与包装，它的分销方法以及是否在分销过程中或通过消费者存在潜在的误用的可能。确定食品的预期用途与消费者———HACCP小组应确定食品如何食用以及由谁来用。首要考虑的是，该食品是否由那些可能易于生病或受伤的人员食用，这些人员包括那些年老体弱、婴儿或免疫系统受到损害大的人员，预期用于公共机构的食品较那些只用于成年人市场的食品应更引起更大的关注，对于婴儿食品的要求也是一样的。
绘制一个描述生产过程的流程图———HACCP小组随后必须绘制一个生产流程图，这一流程图应从成分、原料以及包装材料开始，随着它们进入工厂，引入到加工过程中，并进入到加工与存货之后的那些步骤中，此时应推荐小组把所有的过程参数（时间，温度等）引入到加工过程中是非常重要的，因为那些参数对于控制一个或多个危害可能是必要的，小组也应把员工的操作及人流、物流等结合到加工流程图中，同时小组应推荐把这些必备程序作为建立产品安全的基础。
验证流程图———HACCP小组须参观工厂以确定他们制定的流程图与实际生产时候一致，这可以通过简单地观察操作来完成，小组也应该通过对一天中的实际生产操作与现有的流程图进行比较（必要时进行修改），如早班与晚班的生产操作是否相同。
研究应用七大原理的计划———七大原理将作为研究计划的基础。HACCP小组须记住，这七大原理是相互关联，缺一不可的，而且它们对计划的成功实施是共同起作用的。HACCP小组也必须建立定期的会议制度来检验当前的方案是否在起作用，做些必要的变化或升级并对体系及以后的计划的潜在的变化作个估计，必须控制这个以保证其正如设想的起作用。
必须强调管理层的支持是使HACCP起作用的首要因素。支持包括给HACCP小组提供实施该计划所需的时间以及资源，HACCP的实施通常需要至少6个月，但在实际操作过程中会更长，有时会超过两年或更长。管理层还应该提供HACCP小组所需的培训费用及工作中所必须的工具，对于HACCP，管理层应该有足够的耐心，HACCP不是一就而蹴的事情。
