目前我国水产品出口遇到的最大障碍就是产品质量问题。由于我国水产品出口主要集中在日本、韩国、美国、欧盟，这些国家和地区基本上都对进口水产品制定了较为严格的环境标准，对我国水产品出口贸易形成很大威胁。1997年欧盟卫生组织因我国扇贝卫生检疫问题从当年7月起禁止进口我国养殖扇贝，直到1999年下半年该问题才得到解决。在此期间，日本曾因恶喹酸事件拒绝进口过我国的鳗鱼。1999年韩国对从我国进口的水产品质量提出质疑，有427吨被判定为不合格产品。近年来，技术壁垒以其隐蔽性和灵活性越来越成为发达国家保护国内生产、限制国外产品进口的主要手段。
目前我国水产品质量存在许多问题。一是所制定的标准、规范、规定还很不全面、不完善，与国际标准及惯例有相当的距离。二是部分企业不能按标准组织产品的生产与加工。同时，我国对水产品质量的监督检测机制也不健全，质检机构少、人员少、经费不足、技术水平低，水产品药物残留问题也比较严重。所有这些都降低了我国水产品的竞争力，限制了我水产品出口贸易的进一步发展。
加入WTO以后，我国水产品出口的外部环境虽然可以得到一定程度改善，但如果我们不能及时完善和实施产品法规、标准、认证和检验制度，加快采用国际检验检疫标准，我国的产品仍不能顺利进入国际市场。
