由于中国农业产业化、工业化进程缓慢，集约化经营水平不高，市场农业还未形成，加入WTO后，中国农业将面临严峻挑战。
中国农业部农村经济研究中心研究员徐柏园把这种挑战归纳为如下几个方面：首先是对政府管理体制的影响。由于中国农业生产、农产品流通和农产品贸易，分属农业、内贸、外贸三个系统主管，这种格局显然不适应加入WTO后国内外市场化的需要。
其次是对农产品价格的影响。当前中国农产品并非总量过剩，农产品价高质低，科技含量少，现在中国的粮食价格普遍比国外高，因此，在国际农产品价格竞争上，任重道远。
第三是对农业生产结构的影响。加入WTO后，农产品放开经营，国际国内市场融为一体，中国农产品将接受国内外市场的严格挑选，价廉物美的健康农产品，将会受到国内外消费者的青睐。而现在中国农产品质量、品种、结构远不适应市场消费需要，已突出表现出来。如不尽快调整农业结构、品种结构提高农产品质量档次，中国农产品很难打入国际市场。
第四是减让和削减非关税壁垒，对中国农产品市场的影响。中国农产品长期依赖进口许可证、进口配额及非关税措施调控。加入WTO后，各种非关税措施将被禁用，只能转化为相关的等效关税之后，按规定削减。关税减让和非关税政策手段的丧失，为国外农产品大举占领国内市场创造了便利条件，因而影响了中国的宏观调控。
第五是中国农业市场化程度不高，远不适应加入WTO的形势。尽管形势严峻，但专家普遍认为，加入WTO后，于国于民都有利。清华大学人文学院经济学所副教授孔祥云认为，加入WTO后，对农业生产和农产品国际贸易将带来许多机遇。它不仅有利于进一步改善国际贸易环境，加强农业国际合作，增强中国农业在国际市场的竞争力，而且有利于中国在农业中发展市场经济，加快与国际市场对接的步伐，这是非常难得的积极因素。
实际上，这种有利因素还得益于中国率先进行的农村改革，实行的家庭联产承包责任制。中国最具活力的，独立的生产经营单位的形成，是中国经济发展的根，是加入WTO后迎接竞争的基础。另外，目前中国市场体系和外贸格局初步形成。中国农村市场体系大体分为三层：一是全国八万多家集贸市场和城市零售商场、超市；二是全国四千多家农产品批发市场；三是正在规范整顿成全国三家（郑州、大连、上海）的期货市场。这三层市场体系的建立，意味着中国农村市场体系初步形成，农民有了一个参与国内外市场运作的基础。而外贸格局中，有相当一部分取得了进出口权，多元化成份的产供销一体化、产业化的单位，有利于参与国际市场农产品的竞争。
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