根系是果树的重要器官，由于生长在黑暗条件下，对土壤条件的变化反应相当敏感。通过调节水、肥、气、热和土壤强度等因素可直接影响根系的生长、发育、吸收、代谢等生理机能，间接达到调控地上部的发育进程的作用。因此，近年来根系修剪在果树生产中的作用越来越引起人们的重视。
一、根系修剪的时期
果树根系修剪通常在春季和秋季进行。春季进行根系修剪利于促发旺根，对提高果树长势有利，可以达到壮树目的。而秋季进行根系修剪则易于促发细根，利于缓和树势，实现丰产目的。生产上结合秋施基肥进行根系修剪是目前主要的修剪时期。根系修剪后发生新根的时间因树种不同而异，一般木本果树在根系修剪后20天左右发生新根。
二、根系修剪的方法
果树根系修剪方法主要包括疏根和短截两种；通过疏根可使果树新根分布均匀，而对须根少的部位进行短截，使新根发生部位集中，增加须根数量，对地上部树体营养生长和扩大冠径起到促进作用。
三、根系修剪的作用
1.根系修剪对根系生长发育的作用根系修剪可以显著影响根系的发生及功能的发挥。当果树结果量过大时，对剪根后的新根再生有抑制作用，否则抑制减轻。以3年生盆栽苹果为试材研究表明，重剪后新根发生量大且粗壮，轻剪新根发生量少且较为细弱。
2.根系修剪对地上部生长发育的影响 对苹果幼树根系修剪可使地上部生长量减少30%，同时根系修剪后苹果树枝类组成发生变化，中长枝比例减少，短枝比例增加，利于幼树提早结果。根系修剪后地上部营养生长受到抑制，以后迅速恢复，而已经成熟的部分并未受到断根的影响。虽然地上部营养生长对根系修剪的反应因树势、树龄、修剪时期、修剪位置及修剪程度等有所不同，但总的来看营养生长减少，修剪越重，距离主干越近，越接近生长阶段的前期，减少营养生长的程度越大。
3.根系修剪对开花结果的作用
根系修剪显著改变树冠枝类组成，短枝比率和质量明显提高，同时树体氮素营养水平下降，碳素营养水平提高，提高了植株的碳/氮比值，诱导苹果花芽分化而利于成花。根系修剪时期对苹果开花与结果的影响较大，"六月落果"前根系修剪易造成果实脱落，并使当年成花短枝增加4倍。后期根系修剪坐果率高但新根形成少。5月末根系修剪虽可促进花芽分化提高翌年产量，但对当年坐果率、果实发育及果实品质均有一定的影响。
