扁桃根系发达，入土深度可达6米，耐旱能力强，在整个生长期有400-450毫米的降水量，可以满足基本生长发育的需要。但在干旱地区要获得较高的产量，灌溉是必不可少的。需水集中于发芽后和果实膨大期。气候干燥有利于开花坐果和果实生长。在湿润多雨的地区，虽然也能生产，但不能丰产。适宜的土壤含水量是田间持水量的60％-80％。
在扁桃的年生长周期中，不同时期需水量是有差别的。一般来说，从开花到枝条第一次停止生长时期内，有少量降雨或灌水，可保证枝条正常生长和花芽的分化。如果在这个时期内前期干旱，后期有适当的降雨和浇水，将会促发二次枝的生长，同时推迟花芽分化的时间，但也有利于花芽分化，为下一年丰产奠定基础。
秋季灌封冻水是保证扁桃根系发育的基础。尤其是在冬季干旱的地区，秋季不灌封冻水，根系生长缓慢，不利于第二年春季枝条的生长。早春花前15-20天灌一次萌芽水，不但有利于枝条的生长，还会提高扁桃的坐果率。
