柑桔黄龙病是一种毁灭性病害，传播蔓延迅速，且现有的柑桔栽培品种都是感病的，因此，防治柑桔黄龙病必须采取综合措施，方能取得良好的效果。
1、严格实施检疫，应严格禁止病区的苗木及带病材料（如接穗），向新区和无病区调运。在病区内，带病或可能带病的苗木应有控制地相对集中地种植，防止进一步扩散。新开辟的果园，一律要用无病苗种。
2、建立无病苗圃，培育无病苗木，是防治柑桔黄龙病的关键性措施，要培育出不带黄龙病及某些危险性病害（如溃疡病、裂皮病等）的无病苗木。供新区和无病区的新果园种。
3、挖除病株。鉴于目前还没有一种有效的方法，能把患有黄龙病的柑桔树治疗好。而病树留在田间，就是一个病源。因此，一经发现是黄龙病的树，立即挖除是防治黄龙病蔓延的重要措施。做法是：对每年春、夏、秋3个梢期，尤其是秋梢期，认真逐株检查，发现病株或可疑病株，立即挖除集中烧毁。挖除病树前应对病树及附近植株喷洒40%氧化乐果1000倍液等药剂，以防柑桔木虱从病树向周围转移传播。发病10%以下的新柑桔园和发病20%以下的老柑桔园，挖除病株后可用无病苗补。
4、防治柑桔木虱，柑桔木虱是传播黄龙病的介体昆虫。生长在柑桔的新芽、嫩梢上。通过控制水肥来控制抽梢，使抽出的新梢整齐一致，缩短抽梢期。新梢抽发至1－2厘米时，全面喷洒1－2次杀虫剂。在冬季，柑桔木虱都喜欢飞到果园附近的九里香上越冬。在九里香上喷洒杀虫剂，对于减少木虱的数量有一定的作用。此外，果园周围栽种防护林，对木虱的迁飞可起到阻碍作用。
5、加强管理，尤其是要加强结果树的水肥管理，保持树势壮旺，提高抗病力，对于减少黄龙病的发生及因病造成的损失，有重要作用。
6、把病区改造成新区。对于一些柑桔黄龙病发生非常严重、已经失去了经济价值的果园，应实行病区改造，就是把整个果园的柑桔树（包括那些可能已经感病但还未表现症状的柑桔树）全部挖除，然后用柑桔无病苗重新种?病树及加强管理，就可以把病区改造成为无病的新区。
