香蕉无主根，由浅生不定根组成，通常在球茎中心柱的表面以4条1 组的形式抽生，粗5～8毫米，白色、肉质、生长后期变木栓化，浅褐色，这些原生根可分生众多比它细小的次生根，主要发生于原生根的未端，而次生根上长有许多根毛。正常蕉株有200～300条根，最多可达500条以上，大多数为着生于球茎上半部的侧生根（称为水平根），小数为着生于球茎下半部的垂生根（称为垂直根）。水平根主要分布在土表下10～ 30厘米土层中，良好的土壤与水位条件的可长至50厘米左右，一般蕉根长度为100～150厘米；垂直根可长至75～140厘米深土层。根系的分布与长度同土壤的通气性及品种有关，土层深厚、地下水位低、疏松通气或具有发达根系的高干品种，其根系分布较深而广。
根系的抽生以生长季节或处于营养生长中后期为旺盛，如广东4～8月的高温多雨季节有利根系生长发育，此时是根系生长最活跃的盛发时期，每月根尖生长率可达60厘米，但9月后进入秋季，温度渐降，雨量渐减，根系生长转入缓慢期，当进入12～2月冬季时，温度更低，雨量更少，根系生长转入相对的休眠期。据国外观察，温度低于13℃，根即停止生长。从香蕉生育期看，以18～29叶期，根系生长最多，发育最快，抽蕾后蕉株基本不再抽生新根。在高温多湿的环境里，次生根与根毛有向上生长习性，故5～6月常见蕉园地面浮露出许多雪白的根毛；相反，在低温干旱季节，根系有向下生长的习性。
香蕉根系生长适宜的环境条件是：耕作层深厚，土壤通气性好，土温25～35℃，土壤持水量65％。蕉根不耐涝，不耐旱，不耐过高或过低温度，也不耐肥，故此，要使根系生长发育良好，必须创造一个良好的环境条件。
香蕉根系主要起吸收作用，靠次生根长出的根毛负责吸收土壤中的水分和矿质营养；其次起固定植株的作用。
蕉根的寿命取决于环境条件和养分水平。据观察，香蕉的原生根寿命为4～6个月，次生根为近2个月，次次生根为1个月，根毛为21天。
