溪黄草为多年生草本；根茎肥大，粗壮，有时呈疙瘩状，向下密生纤细的须根。茎直立，高达1.5（2）米，钝四棱形，具四浅槽，有细条纹，带紫色，基部木质，近无毛，向上密被倒向微柔毛；上部多分枝。
溪黄草是民间草药，俗称土黄连等，具有清热利湿、退黄祛湿、凉血散瘀的功效，用于治疗急性黄疸型肝炎、急性胆囊炎、痢疾、肠炎、跌打瘀痛等病症。
茎叶对生，卵圆形或卵圆状披针形或披针形，长3.5-10厘米，宽1.5-4.5厘米，先端近渐尖，基部楔形，边缘具粗大内弯的锯齿，草质，上面暗绿色，下面淡绿色，两面仅脉.上密被微柔毛，余部无毛，散布淡黄色腺点，侧脉每侧4-55与中脉在两面微隆起，在边缘之内网结，其间平行细脉多少明显；叶柄长0.5-3.5厘米，上部具渐宽大的翅，腹凹背凸，密被微柔毛。
圆锥花序生于茎及分枝顶上，长10-20厘米，下部常分枝，因而植株上部全体组成庞大疏松的圆锥花序，圆锥了毛序由具5至多花的聚伞花序组成，聚伞花序具梗，总梗长0.-5-1.5厘米，花梗长1-3毫米，总梗、花梗与序轴均密被微柔毛；苞叶在下部者叶状，具短柄，长超过聚伞花序，向上渐变小呈苞片状，披针形至线状披针形，长约与总梗相等，苞片及小苞片细小，长1-3毫米，被微柔毛。
花萼钟形，长约1.5毫米，外密被灰白微柔毛，其间夹有腺点，内面无毛，萼齿5，长三角形，近等大，长约为萼长之半，果时花萼增大，呈阔钟形，基部多少呈壶状，长约3毫米，脉纹明显。
花冠紫色，长达6毫米，外被短柔毛，内面无毛，冠筒长约3毫米，基部上方浅囊状，至喉部宽约1.2毫米，冠檐二唇形，上唇外反，长约2毫米，先端具相等4圆裂，下唇阔卵圆形，长约3毫米，内凹。雄蕊4，内藏。花柱丝状，内藏，先端相等2浅裂。花盘环状。
成熟小坚果阔卵圆形，长1.5毫米，顶端圆，具腺点及白色髯毛。花、果期8-9月。
