洋浦保税港区海关是隶属于海口海关的处级海关，于2008年10月13日通过海关总署验收，同年11月20日正式封关运作。
洋浦保税港区海关现办公于洋浦保税港区综合大楼一楼东侧。
一、职能设置
洋浦保税港区海关的业务管辖范围为洋浦保税港区内企业。为了方便企业办理海关业务，目前由保税港区海关负责经济开发区内和港区内企业的监管、通关工作，从神头港以外的港口进出境的船舶也由保税港区海关负责监管。同时负责对辖区内进出境运输工具、货物、物品等实施监管；对进出口货物、进出境物品征收关税和其他税、费；打击走私违法犯罪活动；审核、上报海关统计数据；办理其他海关事务。
二、机构设置
洋浦保税港区海关首期配置43人。洋浦保税港区海关关领导职数为3个，关长（正处级）1名、副关长（副处级）2名；内设4个科级机构，即通关科、监管科、综合科、物流监控科。目前有派驻工作人员37名。
三、业务概况
该关自成立近一年来，随着洋浦经济建设的不断发展，业务量也有了较大增长。截止2009年10月共办理企业注册登记11家，监管进出口货物77.3万吨；进出口货值1.80亿美元；监管进出境运输工具276艘次；征收船舶吨税58.05万元，；征收货物税款3177万元。
