传统的菌落计数器使用时，是将计数笔连接到主机上，打开电源开关，将培养皿放在白光板上，打开白光灯，用计数笔触动计数，LED显示屏显示所计数量；计数完成可用计数笔在稿纸上暂记总数，重新开关电源，LED显示屏自动归零，二次计数与稿纸上一次总数比较，数量相同可得较准确的结果。同时，按照细菌计数检验规程规定，一只培养皿中细菌生长数超过300个时，应将检验样品稀释重作，以保证计数的准确性，所以，一般的菌落计数器仪器显示计为三位数。
传统的菌落计数方法费时费力并且错误率较大，是一种全人工操作的方法。
现在随着科技的进步，菌落计数技术日趋完善。主要体现在配置越来越高，功能越来越全。计数的速度越来越快，准确性也越来越精准。具体体现在下面几个方面：
1、成像方面，传统的手动菌落计数器，使用的是放大镜，一般可放大1.7倍到3倍。现在使用的菌落计数器已经具有了图片拍摄功能，而且CCD的规格越来越高，现在市场上销售的仪器所配置的CCD规格是300万到1000万像素不等，分辨率也从原来的0.08mm增强到了现在的0.01mm，图像清晰度大大提高。另外应基层微生物实验室的使用需求，还增加了图像特性获取功能。
2、图像处理功能，具有图像调节，图像增强，图像滤波，边缘检测，形态学运算等，这些都是传统的菌落计数器所没有的。
3、在统计功能方面，不再局限于传统的数量统计。现在市场上出现的全自动菌落计数器，已经增加了一些智能识别技术，可全皿菌落统计，区域选择统计，鼠标点击统计，排污区域计数，直径分类统计，颜色识别统计等。更先进的全自动菌落计数器还带有自动杂质剔除，菌落粘连分割大肠杆菌技术等等。
4、测量功能和抑菌圈自动测量方面也是原来的菌落计数器所没有，更有先进的仪器已经具有了药敏分析功能。不过，这种菌落计数器多用在微生物实验室等数据要求较高的领域，价格也不便宜，市场价多在8，9万左右。
5、在数据库的处理方面，较传统的菌落计数器，增加了数据存储，智能查询，数据导出等，有的还可以设置操作者使用权限，数据修改权限设置等，使测量的数据更加安全。同时，还可以在线编辑，报表打印。
总之，随着科学技术的发展，菌落计数器也在不断的改进。需求者可以根据自己的计数侧重点进行选购.
全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。如何选型，才能获得性能卓越的菌落计数仪，并取得高性价比呢？这得从该类仪器的原理来解释。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，即由【成像硬件+分析软件】所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。
成像硬件的选型
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。然而，拍照成像的致命弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持完全一致，相对来说比较困难。从而引起平皿上亮度的不一致。针对环境光干扰成像方面，通过对仪器照明系统进行精密的设计，上下光源采用了宽光带的LED柔光系统，并结合“悬浮式暗视野”成像系统，不仅能够消除玻璃培养皿的折射光斑，而且通过改变光比，使得菌落表面的皱折、凹陷、边缘的锯齿更富立体感。扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的上解决了菌落目标的亮度不匀问题，但扫描只是平面的效果，不能展现培养基表层和深层的细微菌落，且不能展现菌落颜色等多方面的情况，对于观察分析而言构成了一定难度。随着科技发展，高清晰的CMOS、CCD的涌现加上高清晰的镜头，对菌落色彩的还原性、清晰度等都很高，能够解决某些复杂菌落计数问题。对于这类的产品越来越受到科研单位、检测部门、大专院校等的喜爱。
分析软件的选型
分析软件是全自动菌落计数仪[2] 的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑：对于各类成像干扰的自动排出能力。比如：是否能自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是：对于同类菌落的“一键”化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。现在比较好的分析软件，具有图像处理、图像编辑、统计功能、测量功能、数据库管理、以及对抗生素效价分析、药敏分析功能、多培养皿统计、螺旋平皿统计等一系列功能。
图像处理：图像调节(灰度图、负相图转换、对比度、RGB分割...)、图像增强...
图像编辑：文字嵌入、图形嵌入
统计功能：菌落智能识别技术（很重要）、区域选择统计、直径分类统计、鼠标单击计数、颜色识别统计、人 工计数修正、排除污染区域计数、自动换算功能、自动杂质剔除、粘连菌落分割、菌落形态学分析、多通道分割...
测量功能：自动分析菌落直径、面积等精确测量长度、角度、面积等
数据管理：数据自动存储、查询、Excel导出报表打印、数据库权限设置
高级功能：抑菌圈测量、纸片法药敏分析、多培养皿统计、螺旋平皿统计
精准、稳定的傻瓜式
全自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，若还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。最好的是：能“不变应变”精准、稳定地傻瓜式操作的分析软件，其对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其最多由对话交互来擦除那些个污染部分，即可。
