1、发展滞后
20 世纪80 年代以来，有机水产养殖已为欧美许多国家所推崇和实践。而目前我国有机水产养殖还处在起步阶段，与有机农业相比，无论是在产量还是在种类方面，有机水产品的开发远远落后于其它有机农产品的发展。
2、标准不完善
到目前为止，我国最权威的有机水产认证标准是国家环保总局有机食品发展中心(OFDC) 于1995 年发布的。它在有机水产养殖中养殖场址、水质、养殖措施、饵料、养殖管理、繁殖、苗种培育、放养密度、捕捞、产品运输以及环境影响等诸多方面均制定了严格的标准，对我国有机水产养殖发展起到了重要的指导和参考作用。但由于有机水产养殖是一个全新的概念，其标准也需要随着工业的发展以及消费者和环境利益而不断的改进与完善。
3、未形成产业化规模
由于资金、政策等因素的制约，目前就国内市场看，有机水产养殖没有没有像其它农产品养殖一样形成成熟的产业，养殖对象主要是一些名贵水产品，消费人群主要面向北京、上海、广州、深圳、南京等一线大城市，市场普及度不够高。
4、国内市场认可度不高
“有机消费”已成为世界总体消费的大趋势。随着世界农产品贸易不断扩大、全球经济一体化格局的形成，我国有机水产品市场面临着发达国家的强烈冲击。发达国家往往利用自身的规格化、标准化等优势抢占国内有机水产品市场，造成国内有机水产品整体市场认可度不高，消费者更青睐国外的产品。
随着社会生活水平的逐步提高，人们对健康、环境保护和食品安全越来越关心。目前，有机食品在国内发展势头迅猛，而有机水产品的生产在国内才刚刚开始，正成为消费者新的追求热点，它不仅将带来经济的发展，也将推动整个水产品行业的变革。有机水产品的发展，必将影响中国的水产养殖业和加工业，以致整个社会经济领域。
