1.弱光症。番茄弱光障害简称弱光症，是由于光照不足引起的一种生理病害，主要发生在冬春季节。光照不足时，番茄生长发育缓慢，落花增多。未经受精花就会脱落。单果重量减轻，空洞果、果腐病果增多。
防治措施：主要是尽可能地改善棚内光照条件。定植时，适当加大株行距；保持棚膜清洁，防止膜面附着水滴和尘物；番茄生长中后期，中午前后室外温度达到15℃时，适当揭开部分棚膜，让阳光直接射入棚内。另据试验，利用聚酯镀铝膜拼接成2米宽、3米长的反光幕，挂在塑料大棚（或温室）后立柱上端，下边垂至地面，可使地面增光40%～43%，棚温提高3～4℃，地温提高1.8～2.9℃，番茄增产41.8%～58.1%，并对果实品质有所改善；地面铺设银灰膜或铝箔，也能增加植株间光照强度，使番茄着色良好，并能防止下部叶片早衰。
2.低温症。气温低于13℃时不能正常坐果，夜温低于15℃时造成落花落果，气温在10℃或低于10℃时易发生冷害，长时间低于6℃植株将枯死。幼苗遇低温，子叶上举，叶背向上反卷，叶缘受冻部位逐渐枯干或个别叶片萎蔫干枯；低温持续时间长，叶片暗绿无光，或顶芽生长点受冻，根系生长受阻或形成畸形花，造成低温落花或果实畸形；果实不易着色或着色浅，影响商品价值。
防治措施：①低温锻炼。将泡涨后将要发芽的种子放在0℃左右的温度下冷冻1～2天，然后播种，可促进发芽，增强秧苗抗寒性把将要发芽的种子每天在1～5℃的较低温度下放置12～18小时，接着转移到18～22℃的较高温度下放置12～6小时，如此反复数日，也能显著提高秧苗抗寒力，并能加快其生长发育速度。②定植前进行低温炼苗，定植时选择晴天，以利根系恢复生长。③多层覆盖。在塑料大棚内套小拱棚，可使小拱棚内的气温比大棚提高2～4℃，地温提高1～2℃；在塑料大棚中采用塑料薄膜做成二层幕，于夜间覆盖，可使棚内气温、地温平均提高1～2℃；在大棚四周覆盖一层1米高的草苫子，亦可使棚温提高1～2℃。④临时加温。临时加温的设备要早有准备。加温设备要有散热性好的较长的烟道，以提高热能利用率。⑤根据天气预报，于傍晚喷洒27%高脂膜乳剂80～100倍液、巴姆兰丰收液膜250倍液。另外，要注意选用耐低温的品种，如津粉65等。
3，筋腐病。又叫条斑病或条腐病，是温室番茄经常发生且危害比较严重的一种生理病害。筋腐病的症状有两种类型：一是褐色筋腐，果面局部褐变，甚至出现坏死斑，凹凸不平，果肉僵硬，发病处着色不良，有明显绿色或淡绿色斑。二是白型筋腐果，多发生在果实皮部组织上，病部具有蜡样光泽，质硬，果肉似“糠心状”，病部着色不良。筋腐果多因低温、高温、弱光或高夜温、缺钾、氮肥过多或病毒感染等因素而发生。
防治措施：一是选用不易发病的品种。二是合理密植，适当疏除过密叶，定植时花序定向栽植，使果穗处于操作行一方。三是适量施氮肥、钾肥，防止一次追施氮肥过多，并严防一次浇水量过大造成土壤过湿。四是注意防治蚜虫和病毒病。
4.空洞果。其症状是外观果实有棱，横断面成多角形，可见明显的空腔。空洞果发生的原因：一是受精不良，果实内部发育不完全，形成空腔。二是氮肥用量过多。三是缺少二氧化碳，或弱光，光合产物不足。四是激素蘸花时浓度过大，或蘸花时花蕾幼小，发育不够健全，部分形成空洞果。
防治方法：一要适当低温炼苗，培育花芽分化良好的壮苗，定植带花大苗，以利于受精和幼果发育。二要适当稀植，张挂反光幕，改善室内光照条件，采用秸秆生物反应堆技术等，以增加二氧化碳量。三要合理调整温度，严防温度过高，造成有机营养消耗过多。四要合理施肥、浇水，增施有机肥，适量施氮，严防氮肥过剩、前期水分过多和结果盛期水分不足。五是蘸花激素应适宜，浓度不可过高，蘸花时花应开展，不可处理过早。
5.畸形果。常见的畸形果有大脐果、尖顶果、多心皮果等。畸形果发生的原因，主要是花芽分化和发育时水分和养分超过了正常需要量，又遇到连续6℃左右的低夜温或低于20℃的昼温；蘸花药量过多；低温寡照条什下分化发育的花芽也易产生畸形果。
防治措施注意苗期夜温维持在10℃以上，至少不要有连续6℃左右的低夜温，避免苗期肥水过足，蘸花药量要适宜。
6，网纹果。即从果实表面可以看到果肉呈网纹状，一般成熟较晚。网纹果主要是土壤含水量较低，根系不能很好地吸收磷、钾，或磷、钾在植株体内移动困难，使植株生理失调、代谢紊乱而形成的。
防治措施：注意适时适量浇水，防止土壤干旱，增施磷、钾肥，培育强健的根系，可有效地减少网纹果的发生。
7.着色不良。果实的色素含量一般受温度、光照和土壤条件的影响较大，较适宜的温度为20～26℃，温度过高、过低都不利于茄红素的合成，果实成熟呈黄褐色。在果实膨大期间，若氮、钾不足，叶绿素分解成茄红素的过程受到影响，则易形成黄色果。温度过低或过高，都会形成着色不良的黄色果实。
防治措施：加强肥水管理，保证有充足的肥水供应，增施磷、钾肥，合理密植与整枝，促进果实着色。
