随着杂交制种技术的不断提高，近几年我国新育成的番茄杂交一代种子，多表现抗病、丰产的优质特性，应用的面积不断扩大。为获得更加高产、优质、高抗的杂交一代种子，经我们多年试验，杂交制种技术显得尤为重要。
1花朵 番茄花为雌雄同株的完全花，当花药中花粉成熟，花药内侧的花粉散出孔即纵裂，花粉散出落于柱头上进行白花授粉。据资料研究，气温25～28℃最适合花的开放。从开花到凋谢约4～5天，以上午7～8时开花最多。温度低于15℃不利于番茄的开花，高于35℃时落花严重，花朵盛开时花囊开放，花粉散出，在常温下2～3天，低温0℃以下，20天花粉仍有发芽能力；雌蕊在开花前后两天均可接受花粉受精，但以当天开放的花朵受精最好。
2采粉 花粉采集一般在上午10时左右进行。株间杂交，因用花粉很少，可直接选盛开花朵，用镊夹将花药筒拨开，挑取花粉。混合授粉需粉较多，可于授粉的前天上午将盛开但未散粉的花朵连柄一起摘下，放在小纸盒或培养皿中，置干燥处风干，第二天可用取粉器取出花粉，放在容器中待用。摘花时要选花冠开放90°角以上、花瓣叶呈鲜黄色、雄蕊金黄色、花粉还未散出的盛开花朵，摘早了花粉不成熟，晚了花粉已散出。采下的花粉放在小瓶中置阴凉处，2～3天可保持其活力。
3去雄 作为大量制种的制种田，可根据植株生长状况，果实大小决定授粉果数。选取第二三花穗上当天开放的花蕾（花瓣含苞，平于或高于花萼，但不开放，花药筒内花粉末裂出）。左手轻轻捏住，右手用尖顶镊子拨开花瓣深入花药筒内，将花药筒挑开，分别向两侧下压，将花药拔掉。操作时不要用镊子碰伤碰断柱头，不要伤及子房，不要将花冠提出，花药要拔干净，断留在内的花药也要拔出，否则因有自交能力，而失去复壮作用。去雄前要将已开放的花朵或劣质花蕾、长柱头花蕾、扁柱头畸形花蕾及已开败的花朵都去掉，一般第一花穗不去雄杂交，如需去雄应在花穗的第三四朵花上去雄，其余皆摘去。 4授粉 一般去雄后当天即可授粉。用镊子直接挑取父本花粉点于母本柱头上；大量授粉可用带有橡皮头的铅笔蘸上花粉向已去雄的母本柱头上涂抹。因花朵在第二天才能正常开放，为了达到充分授粉，第二天10时以后要进行重复授粉，授粉后用指甲掐去1～2个萼片做标记。这样凡掐萼者均已授粉2次，结籽较多，效果较好。
番茄杂交一代制种还应注意以下几点。
第一，父母本如花期相同，父本应早播种7～10天，早定植2～3天；如父本为早熟品种，母本为晚熟品种，可同时播种；如父本为晚熟，母本为早熟品种，父本应早播10天以上。这样母本开花后，才不影响授粉。父母本栽植数量为1∶3～7，父本如是早熟品种，所用的数量更少。
第二，一般父本栽植密度比正常种植稍密，非自封顶型可留双秆，自封顶型可留3～4秆，以开出较多的花朵，利于授粉，但也不能忽视正常整枝打杈，个别长势弱的早熟品种可单独留一根营养秆，掐去花朵，不结果。
第三，授粉时间以每天早晨露水干后即可进行，但以9～11时为最好，下午4～6时也行，早晨露水未干时授粉或者授粉后遇雨，或天气过潮湿，花粉粒易吸水膨胀，影响发芽，应避开和进行重复授粉。
第四，为使授粉期赶在天气凉爽时进行，和果实成熟期避开雨季，减少烂果，春季应尽量提早播种定植，采用阳畦育苗、覆盖小棚或地膜定植。
第五，去雄授粉一般大果品种每穗果3～4朵，中小果4～8朵；每株大果品种杂交数15～20个，每株坐果12～16个，中小果品种20～50个，每株坐果30～40个。去雄时先打杈，重复授粉后再掐萼，授粉完了每株坐果达到数量后即在枝秆顶部留2片真叶打顶。
第六，夏季气温高，一般一昼夜后，种子与果胶脱离即可淘种。发酵时间过长，种子颜色易变黑。也可用盐酸处理快速脱胶法，用30%盐酸1.45千克倒入5千克的水中，再倒入100千克的粉浆中，充分搅拌1～2个小时，手感果胶脱掉后即可淘种。
第七，番茄虽为白花授粉作物，但仍有1%～4%的杂交率，不同组合间应隔离50米左右，特别父本必须绝对纯正，在苗期、定植期、开花期、进行去杂。父母本如想留取亲本种子应隔离50米单独种植。
第八，在母本上收摘杂交果时，除将无萼的假杂种摘掉外，还应根据母本特性，如封顶习性、果色、果肩有无、果实大小，果形等辨认不纯单株，单独收摘后食用，不能采种。
第九，种子晒干后，将同组合各次种混合，装袋，装好标签，标明品种名称、数量和采种时间，每袋取出少量种子备查，严禁混杂。
