西红柿萎蔫一种情况是由于茎秆基部靠近土壤表面的地方出现了黑色病斑，导致根系吸收的水分不能顺利输送到植株上部而形成萎蔫。这是由一种疫霉菌引起的根腐病。这种病菌喜欢高温高湿，容易通过伤口侵染。因此，在9-10月份当大棚内的温度白天超过30℃，大水漫灌造成土壤较长时间潮湿，就很容易发生这种病害。特别是对于苗期徒长的植株，很多菜农都喜欢把茎秆基部多余的部分埋进土壤里，使其再生新根。这对植株的生长虽然有利，但病菌特别容易通过摘叶和掰疯杈造成的伤口侵染。
根据多次试验，使用化学药剂防治这种病害的效果比较明显，一般只需用雷多米尔或金雷多米尔600倍液灌根1-2次，每株西红柿需灌药液100克左右即可。
另外一种萎蔫情况是茎基部没有病斑，根部表面也没有明显症状。但是剥开根的表皮，可以看到里面已经变成褐色。这种萎蔫大多数容易在连阴天后突然转晴时发生，开始是中午萎蔫，早晚恢复，逐渐全株死亡。特别是那些在连阴天前浇水的大棚，病情更重。这主要是由于连阴天造成土壤温度逐渐降低，叶片的光合作用下降，根部得不到充足的营养，功能减弱，吸收水分的能力下降。当晴天气温突然升高，地温提升相对较慢，且根系的水分吸收量不能满足植株的蒸腾时，就会发生萎蔫现象。发生萎蔫的植株如果得不到及时恢复，根部就会被病菌感染，形成根腐病。
因此，对于这种根腐病的防治，最主要的措施是在连阴天后的晴天，不要让棚内的温度升得太快，要把草苫放下一部分适当遮阴，降低棚内的温度，减少蒸腾量，使植株有一个恢复过程。一般中午棚内的最高温度不要超过25℃。另外，为了防治病菌的侵染还要选用药剂灌根。经过筛选，比较好的药剂为适乐时1500倍液，每亩地灌药液150公斤左右，连续灌2次，每次间隔5天左右。
