番茄果实的生理病害是由不适宜的环境条件引起的，一旦环境条件恢复正常后，生理病害停止发展，有时还可恢复正常。生理病害的原因很多，如温度不适、光照不足或过强、水分失调、营养失调以及药害、肥害等栽培管理不当因素。
一、绿背果
1．症状：果实变红后，在果实肩部或果蒂附近残留绿色区或斑块，始终不变红，果实红绿相间，绿色区果肉较硬，果实味酸，口感差。
2．发病原因：偏施氮肥，番茄植株长势过旺的情况下发生，尤其在氮肥多、钾肥少、缺硼、土壤干燥时，发病最为严重。
3．防治方法：果实膨大期，及时补钾，喷施含钾和硼的复合微肥。
二、茶色果
1．症状：果实成熟后变红，但红中显露出褐色而使果实呈茶褐色，果实表面发污，光泽度差，商品性明显降低。
2．发病原因：低温、弱光是产生茶色果的根本原因，果实成熟期温度低于24℃，叶绿素就会增多，并延迟番茄红素形成，导致茶色果的出现；偏施或过量施用氮肥，钾、硼缺乏，在连作、土壤盐演化的温室，若再过量施肥，都容易引起茶色果。
3．防治方法：进行果实催熟处理，避免忽干、忽湿或过干、过湿。或过量施用氮肥，避免营养生长过旺。
三、脐腐果
1．症状：在果实乒乓球至鸡蛋大小的幼果期发病，开始果实顶部（脐部）最初呈水浸状暗绿色或深灰色，很快变为暗黑色，果肉失水，顶部呈扁平或凹陷状，病斑有时有同心轮纹，果皮和果肉柔韧，一般不腐烂，空气潮湿时病果腐烂。
2．发病原因：直接原因是缺钙造成的。缺钙的原因：一是水分供应失调，干旱条件下供水不足，或忽干忽湿，使番茄根系吸水受阻、根系活力下降，钙的吸收被抑制；二是过量使用氮素及钾肥时，钙的吸收被抑制；三是高温干燥使钙的吸收及其在植株体内的移动受阻；四是生长调节剂处理过的果实易发生脐腐病。
3．防治方法：一是避免氮钾肥过多的同时又一次性施入大量的速效性肥料；二是防止土壤干燥，增加灌水量；三是进入结果期后，每7天喷一次0．1％～0．3％的氯化钙水溶液，也可连续喷施绿芬威3号等钙肥。
四、日灼果
1．症状：果实被灼部位呈大块褪绿白斑，表面有光泽呈透明革质状，凹陷。后期病部变黄，表面有时出现皱纹，干缩变硬，果肉坏死，变成褐色块状。
2．发病原因：果实受阳光直射部分温度过高而被灼伤。
3．防治方法：合理密植；适度整枝打杈；在选留花序和整枝绑蔓时，要把花序安排在支架的内侧，靠自身的叶片遮光；打顶尖时在最后一个果穗的上面要留2片叶，为果穗遮光；及时通风、降低室温；遮阳网覆盖，避免强光。
