只为害果实，青果期发病严重。病斑产生于果实顶部，最初为水浸状暗绿色或深灰色，很快便发展为暗褐色。果肉失水，顶部呈扁平或凹陷状，皮肉柔韧，一般不腐烂，空气潮湿时病果常被某些真菌所腐生。
发病原因
一种观点认为：发病的根本原因是缺钙。土壤，尤其是沙性较大的土壤，盐基含量低，酸化，供钙不足；在盐渍化土壤中，虽然土壤含钙量较多，但因土壤可溶性盐类浓度高，根系对钙的吸收受阻，也会缺钙。施用铵态氮肥或钾肥过多时也会阻碍植株对钙的吸收。在土壤干旱，空气干燥，连续高温时易出现大量脐腐病果。
另一种观点认为发病的主要原因是水分供应失调。干旱条件下供水不足，忽旱忽涝，使番茄根系吸水受阻，由于蒸腾量大，果实中原有的水分被叶片夺走，导致果实大量失水，果肉坏死
