在大棚番茄生产中，常常遇到下列问题：
小苗黄化僵化
症状是苗子从子叶就开始黄化，然后扩至全株叶片，生长停滞，严重时叶片枯黄脱落，顶叶变窄卷曲，近根基部长出不定根，地下根腐败变褐，无新根发生。
造成番茄黄化僵苗的主要原因是苗床湿度过大，根系缺氧，根和叶间的荷尔蒙平衡被破坏，呼吸及代谢失常，地上部分激素累积，因而长出不定根。预防措施是在苗床时不要积水，苗期浇水要适量。
番茄出现黄顶
症状是顶部的嫩叶出现黄化。
一般来讲，造成番茄出现黄顶的原因可能有几个：一是缺铁。土壤铁的绝对含量低，或多肥、多钾、多氨、多钙，也容易引起缺铁；栽培时温度过低也会使植株对铁的吸收受阻。二是缺氧。土壤或营养液缺氧，硝酸被氧化成亚硝酸，或是土壤严重酸化，由亚硝酸向硝酸的转化被中止，由于亚硝酸积累引起的中毒也会造成顶端部嫩叶黄化。三是除草剂的药害。如果番茄的前作过程中使用过西玛津除草剂，它的顶部嫩叶也会黄化。四是塑料营养钵引起的药害。一些厂家生产的塑料营养钵使用原料不规范，杂乱的再生料中混有对番茄有害的化学成分，也可能导致顶部嫩叶黄化。
番茄出现僵果
僵果就是坐果后停滞生长发育的果，果内无籽，也不脱落。僵果的形成是从蕾期到初果期。通常情况下，僵果的主要原因有：一是授粉受精不良。开花前到坐果初期，温度过高或过低，授粉受精不良。二是养分供应不足。光照不足，光合作用能力差，养分供应不足；水肥失当，植株徒长，向果实运送养分受阻。三是保花保果激素使用时间不当。番茄子房对保花保果激素的反应期在开花的前3天和后3天。在反应期以外的时间使用保花保果激素容易形成僵果。
预防上，要注意防止低温、弱光；保持一定的昼夜温度；采用辅助授粉措施；开花时再使用保花保果激素。
