1.豆子精选与处理选择无霉变、无虫蛀、颗粒饱满的豆子。在浸种前用0.5%石灰水进行冲洗，也可用热水烫豆，以消毒杀菌，促进豆内酶的活性，提高发芽率，减少发病率。
2.生产场地的清洁与消毒场地内应装40瓦紫外线杀菌灯，经常开灯杀菌。生产场地由专人管理，杜绝外人进入，豆芽生产人员严禁接触油污、化学药品。不用油脂润肤品、头油、化妆品等，饮酒后严禁进入工场，防止细菌侵入。
3.盛豆器具严格消毒生产豆芽的容器及器具要保持清洁，使用前严格消毒。一般可用0.5%的漂白粉或5%的明矾溶液，也可用火把灼烧几遍，使附着的病原体死亡。
4.温度要控制豆芽的生长温度为20―25℃。生产过程中必须调节室温，使豆芽在适宜的温度中快速生长，减少烂芽发生。
5.水质要清洁宜使用井水，严禁使用不清洁的塘水和大河水。淋水要定时定量，一般4小时淋一次，使豆芽新陈代谢后的废物随水流冲走。水量标准是，豆种泡好了，水也基本吸干了。要求在豆种泡好前1小时每10分钟翻搅一次，以使豆种均匀吃水。若吃水太多，入缸后呼吸吐纳空间小，豆种发芽慢，而且易染病；若吃水少，则发芽时间不致，参差不齐，外观不美。
6.掌握泡豆时间夏季生豆芽的泡豆是关键。那么多长时间种豆算泡好了？检验方法只有两个，一是用手捏，用拇指和食指使劲捏开豆种，只要豆瓣不破碎就行，豆瓣碎成团状，说明泡豆时间过长；二是用牙咬，凭感觉软硬来确定豆种是否泡好。
7.药物防治在豆芽烂芽初期，用“8503”药剂一小包对水2.5公斤喷施，每4小时喷一次，可抑制病菌蔓延，或用EJ―2型消毒剂稀释200倍喷洒防治病情。注意：细菌性烂芽，用药只能控制，不能根治，一旦细菌产生抗药性，只能更换场地或停止生产一段时间后再恢复生产。
