大棚丝瓜生长期间，一般虫害较少，主要是病害。前期主要防灰霉病、霜霉病，后期主要防白粉病和枯萎病。
灰霉病可用克霉灵500倍液，或50%速可灵1000倍液交替喷药防治；霜霉病可用72.2%普力克1000倍液，或40%乙磷铝400倍液交替喷药防治；白粉病可用15%粉锈宁1000倍液，或75%百菌清600倍液交替喷药防治；枯萎病可用50%多菌灵500倍液或70％甲基托布律1000倍液灌根防治，每株灌药液250毫升左右。
