造成辣椒落花落果的原因很多，有生理方面的，也有病理方面的。辣椒是喜空气干燥而土壤湿润的环境，如气温偏高(超过35度)，即影响授粉、受精，又易引起植株徒长，使植株同化功能力减弱，呼吸消耗增加，引起子房枯萎，花丝干缩，致使落花落果，或遇到较长时间的阴雨天，使光照不足，温度下降(低于15度)，也会影响授粉及花粉管的伸长，导致落花。土壤干旱，水分不足，空气蒸发量大，也会抑制植株对肥水的需求，引起落花落果。而水分过多，通透性差，使根呼吸和生长发育受阻，甚至沤根，也会引起落花落果。
施用肥料要养分全面，要氮磷钾配合施，氮肥过多或不足或缺磷少钾，使肥料施用不平衡，各种养分供应不协调，会使花果因其养分不足或营养紊乱引起落花落果。
栽植过密，导致通风不良，光照不充足，光合作用减弱，雄花发育不良，使第一二层的花容易脱落。防治措施如下。
一、实行轮作，选用抗耐病品种，栽植无病虫的健壮苗，不栽伤根断叶苗，合理密植，改善通风条件，调节好田间小气候，使植株有个好的生长环境。
二、加强温湿度的管理，在开花结果阶段应加大通风量，白天棚温保持20-27度，夜间温度不低于15度时可昼夜通风，只有通风良好，植株才能生长旺盛，坐果率才高。
三、严格控制肥水，合理施肥，在未坐果前可不浇水追肥，从而控制营养生长，促进生殖生长，追肥时应增施磷钾肥，减少氮肥用量，进人盛花期、坐果期，果实迅速膨大，则需要大量的氮、磷、钾肥料。
四、辣椒一般要求空气湿度在55%-65%，土壤湿度15%左右，如高18%则会影响根系发育和植株生长，如田间24小时积水，但进入盛果期宜保持土壤湿润。
五、辣椒主要病害有病毒病、炭疽病、绵腐病等，病毒病还能使植株萎缩，不能分枝生长，严重影响产量。由蚜虫引起的病毒病应彻底及早防治蚜虫，把其消灭在点片阶段，可用吡虫林、乐果、敌敌畏防治；蛹虫可用杀蛾剂或石硫合剂防治。病毒病可喷洒病毒A、植病灵等。其他病害可选用普力克、速克灵、扑海因、百菌灵、多菌灵、甲基托布津等药剂防治。
