当前，我国木瓜园中施用的肥料种类，主要有厩肥、人粪尿等有机肥料，单体化肥、复合化肥和绿肥等。
（1）有机肥料：
这是最主要的肥料。因为：
第一，有机肥料中含有比较完全的营养成分。例如，人粪尿中含有机质5％～10％，氮、磷、钾的含量，分别为0.5％～0.8％、0.2％～0.4％和0.2％～0.4％。猪圈粪中含有机质11.5％，氮、磷、钾的含量分别为0.45％、0.19％、和0.60％。牛、马粪中含有机质11％～19％，氮、磷、钾的含量分别为0.45％～0.58％、0.23％～0.28％和0.50％～0.63％。这样，就能够满足木瓜树对多种矿物质营养元素的需要。
第二，施用有机肥料，有利于土壤团粒结构的形成和维持，能够提高土壤的保肥、蓄水能力。松本的研究结果表明，在年降雨量为627.6毫米的情况下，施用750千克有机肥料，土壤流失量为10.63千克；施用1500千克有机肥料，土壤流失量为3.39千克，分别比对照减少56.4％和86.9％。据测定，有机质的吸水量，可达自身重量的5～6倍，比黏土大10倍，能够显著增加土壤的容水量和有效水量。有机质还可以吸收和保持大量可溶性物质，尤其是对盐类的吸收和保持力更强。据测定，有机质的平均盐基置换容量每100克土为300～400毫克当量，比矿物质土粒大5～6级。有机质也能够显著增加土壤的缓冲性，防止土壤反应的剧烈变化。
第三，有机质是微生物不可缺少的能源，有利于土壤微生物繁殖和活动，促进有机物的分解和转化，有利于增进地力。
正是由于有机肥料具有上述优点，所以对木瓜园增施有机肥料，能收到树壮、优质、丰产的良好效果。且经常施用有机肥料，可不断补充被消耗的土壤有机质，是一项重要的施肥措施。
