在黑木耳栽培过程中，常有杂菌和虫害发生，而造成生产上的损失。特别是在管理粗放和高温高湿下，往往病虫害发生严重，甚至无收。
常见的黑木耳害虫有鱼儿虫、壳子虫、米象、蛞蝓、小马陆、弹尾虫、蓑衣虫；危害黑木耳的常见杂菌有碳困、革耳、云芝、木霉、青霉、裂褶菌、朱红菌等。
防治黑木耳病虫害应采取预防为主，综合防治的方法，从而提高黑木耳本身的抗病虫害能力，减少病虫孽生条件和药剂防治三方面入手。主要措施如下：
（一） 提高黑木耳本身搞病虫能力；
1、选育优质高产，抗逆力强的菌种。
2、创造适宜黑木耳生长的温度、湿度条件和营养条件，使黑木耳本身具有较强的与杂菌竞争的能力。
（二） 减少病虫害生长条件：
1、清理好耳场。耳棚周围及走道应每周一次用多菌灵或菇霉灵液喷雾保持栽培环境清洁卫生，减少杂菌污染的机会。
2、耳房、耳场必须通风良好，排水便利。
3、必需严格搞好耳场内和栽培房及灭菌、接种等各环节的消毒工作。
3、1 、灭菌。 装完袋需经过灭菌后才能接种黑木耳。目前常用土蒸锅灭菌，一次可灭菌500～800袋。灭菌时锅内材料不能排列过密，以便蒸汽流动畅通，灭菌彻底。灭菌时间为8～12小时。灭菌时要防止漏气；否则锅内达不到需要的温度影响灭菌效果。
3、2、接种。 接种室大小可根据接种量而定，一般每5－6平方米可接种1万袋。有条件可设置一个冷却间，灭菌后的料袋在冷却间冷却到30℃左右时即可接种。
接种前1－2天要对接种室消毒，具体方法：
①将白灰在接种室内四处扬撒。
②放置5－6堆硫磺和锯未混合物点燃熏24小时。
③用甲醛5－10毫升和5克高锰酸钾混合熏24小时。
接种前，对镊子、接种钳等接种工具应用75％酒精擦拭后点燃消毒，操作人员要用肥皂洗手，并用医用酒精擦拭。接种时将菌种弄成玉米粒大小，用镊了夹出，一手打开培养袋棉塞，一手将菌种放人袋内。一般在培养孔放4－5块，在袋上部周围放4－5块，然后用手在外面按一按，使茵种和培养料充分接触。便于萌发。最后塞上棉塞。
4、对感染性强的污染耳木，菌袋、菌瓶，菌砖应隔离和烧毁。
（三）、药剂防治：
1、用2%生石灰涂刷被杂菌危害部位可抑制杂菌蔓延。
2、若绿霉菌发生在培养料的表面，尚未深入料内时，用PH10的石灰水擦洗患处，可控制绿霉菌的生长。
3、若发现袋内有黄、红、绿、青等颜色的斑块即为杂菌、较轻的可用福尔马林液注射患处，移到另室单独培养，仍有一定产量。
