浸种的方法主要有清水浸种、热水浸种、药水浸种和微量元素浸种等。
（1）清水浸种 将种子浸入到清洁的常温水中，最好是用井水，水温可调至20～30℃。种子投入到清水后，要捞去浮在水面的瘪子、果皮等物，再换清水浸泡。浸种所使用的工具和清水不能有油污，否则影响种子呼吸。浸种时水的用量不可过多，以种子全部浸没或水面略高于种子为宜。种子吸水后逐渐膨胀，等种子充分吸胀时，浸种工作结束，再反复多次搓洗，除去种皮外的粘液，用清水洗净。晾干后，以手摸清爽，不粘手，籽粒间不粘连为度。辣椒浸种时间为8～12小时，浸种时间的长短与水温有关，在一定范围内，随温度的增高，种子的吸水速度也加快。
（2）热水浸种 热水浸种前，先将种子放在常温水中浸15分钟，可促使种子上的病原菌萌动，易烫死，然后将种子投入55～60℃的热水中烫种15分钟，水量为种子体积的5～6倍。烫种过程中要及时补充热水，使种子受热均匀，要不断搅拌，直至水温降到30℃左右时才可停止搅拌，也可在达到烫种时间后将种子转入30℃的温水中继续浸泡4小时。处理时要用温度计一直插在热水中测定水温，以便随时按要求调节。种子量较少时，可先将种子装在纱布袋中，烫种时连袋浸入水中，达规定的时间后可迅速将种子转入30℃的温水中继续浸泡；种子数量较多时，可用细孔网篓代替纱布袋。
（3）药水浸种 采用药水浸种时，应严格掌握药水的浓度和浸种时间。种子浸入药水前，要用温清水先预浸4～5小时，种子在药水中浸过后要立即多次用清水冲洗。
① 硫酸铜浸种：先将种子用清水浸4～5小时，再用1%的硫酸铜溶液浸5分钟，取出种子用清水冲洗干净后再播种或催芽，或用1%的生石灰浸一下，中和酸性后再播种。也可以取出种子阴干后，拌少量熟石灰粉或草木灰，中和酸性后再播种。该法对防止炭疽病和疮痂病的效果较好。
②升汞水消毒：先将在清水中浸泡过4～5小时的种子，用0.1%升汞水消毒5分钟，取出种子用清水并且冲洗干净，再催芽、播种或晾干备用。该法对防治疮痂病效果较好。
③链霉素液浸种：已在清水中浸泡4～5小时的种子，用1000毫升/升的农用链霉素液浸种30分钟，水洗后再催芽。该法对防止疮痂病、青枯病效果较好。
④磷酸三钠浸种：将已清水浸泡过的种子，用10%的磷酸三钠水溶液浸种20～30分钟，浸后用清水冲洗干净。该法对防止病毒病效果较好。
⑤1%次氯酸钠浸种：5～10分钟，种子经药剂处理后要用清水淘洗数遍，然后置于常温水中浸种8～12小时。
⑥微量元素浸种：用0.002％的硼酸或0.02％的硫酸铜、硫酸锌、硫酸锰等溶液浸泡辣椒种子5～6小时。有促进早熟、增产的作用。
