秋冬茬西芹利用大棚、温室等设施栽培，因保护地内温度高、湿度大，易发生病害。现将常见的4种病害的防治措施简要介绍如下。
软腐病
主要发生于叶柄基部和茎上。先出现水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形凹陷斑，然后呈湿腐状，变黑发臭，只残留表皮。病菌在土壤中越冬，从伤口侵入，借雨水或灌溉水传播蔓延。湿度大时发病重，有时和冻害或其他病害混发。防治措施：实行3年以上轮作；移栽、松土时避免伤根；雨后及时排水；发现病株及时挖除，并撒石灰消毒，减少浇水或暂停浇水；发病初期用72%农用硫酸链霉素可湿性粉剂3000倍液喷雾防治。
斑枯病
主要危害叶片。发病初期病斑呈圆形或不规则形，边缘明显，黄褐色，中央灰白色，上散生黑色小点。冷凉、高湿、多雨或植株衰弱时发病重。防治措施：加强田间管理，增强植株抗病能力；降温排湿，缩小昼夜温差，减少结露，不要大水漫灌，可膜下暗灌；发病初期可以喷施5%百菌清粉尘剂，每次每亩用药1公斤，也可以喷施75%百菌清可湿性粉剂600倍液或加瑞农47%春雷·王铜可湿性粉剂500倍液防治。
菌核病
主要危害茎、叶。病部初呈褐色水浸状，湿度大时形成软腐，表面生出白色菌丝，后形成鼠粪状菌核。气温15℃、相对湿度85%以上时易发病和流行。防治措施：与其他作物实行3年轮作；发病初期可以喷施50%腐霉利可湿性粉剂或50%异菌脲可湿性粉剂或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液防治，也可以喷施5%百菌清粉尘剂，每次每亩用药1公斤。
病毒病
全株都会受害，出现叶片皱缩、花叶等症状。病毒在田间主要通过蚜虫传播，也可以通过操作接触传毒。栽培管理条件差、干旱，蚜虫数量多，发病重。防治措施：防治蚜虫；加强肥水管理，促进植株生长健壮，提高抗病能力；发病初期喷施植病灵1.5％烷醇·硫酸铜水乳剂1000倍液或病毒A20%吗胍·乙酸铜可湿性粉剂500倍液防治。
