设施栽培果树，大棚内的生态环境与露地不同，棚内的生态环境条件，随时都有使果树发生病虫害的可能。因此，果树在大棚里生长期间，要有效地用农药防治果树病虫危害，必须科学地正确使用农药。
一要正确选用农药
每种农药各有一定的防治范围和防治对象，在大棚内防治哪一种病、虫，应根据棚内病、虫发生的病情和虫害特点，了解农药性能和防治对象，正确选用农药，做到准确用药治病治虫。
二要用药适时
适时使用农药，包括用药时期。防治病虫害，应本着治早、治小、治了的原则，在病虫发生初期用药防治。
施用农药的时间是否合适，关系着防治效果，使用农药适时才会有好的防治效果。喷施农药，要考虑大棚内的温度和湿度状况，不宜在阴雨天、棚内湿度大或温度高的情况下施用农药，以免降低药效。特别应该注意，在高温情况下不要使用硫制剂农药（如石硫合剂），如在高温时使用浓度过大的石硫合剂防治苹果果树病虫害，叶面会出现红褐色烧伤斑，果面出现革状紫褐色斑，影响果实外观；甚至引起果树落叶。
三要防止病虫产生抗药性
各种农药的作用机制不同，要依据不同类型农药，农药的不同作用机制，交替使用农药，以免病、虫产生抗药性。如果注意轮换使用农药，则可避免或延缓病菌、害虫抗药性的产生。
四要安全用药
为了防止因用农药不当，导致果树受药害，防治果树病、虫应选用高效、低毒、低残留的农药；切忌随便加大药液浓度，用药次数不要过多。严禁使用剧毒、高毒、高残留、致癌、致畸、致突变和具有慢性毒性的化合物，如福美砷、赛力散等农药。应尽可能使用生物源农药和矿物农药。
棚栽果树林无论是拱形棚或是一面坡式棚，一个棚内所栽果树植株高低有别，喷的药液量应多少有别，防止喷药过量造成药害。
