近年来，食用菌病害甚多，至今尚无有效、专用的防治药物应用于生产。将植物的脱毒技术应用于食用菌生产，可有效抑制病害的发生。
所谓植物脱毒，是将植物茎尖生长尖端组织进行分离，将分离组织置于特定培养基中进行培养，从而获得脱离原体病毒、病菌的新生种苗。具体到食用菌的脱毒繁种，严格说来，一般的组织分离并不能达到使菌种脱毒的目的，这是由于子实体已生长至中后期，携带病毒、病菌的概率相当高，故脱毒效果不明显。而将食用菌尖端生长点进行脱毒，效果理想。
具体的脱毒方法有两种：
1.菌丝尖端脱毒技术
使用规格为90毫米或110毫米的培养皿。无此规格培养皿时，也可改用规格为25毫米×200毫米的大型试管，但操作不太方便。
先按常规制备母种培养基，装入三角瓶，棉塞封口，加皮纸包封；同时将培养皿洗净后用牛皮纸包好。二者同时进行灭菌处理。121℃下灭菌30分钟，待灭菌锅内压力为零时，取出灭菌物，放入事先消毒的接种箱。打开牛皮纸包封，一手持培养皿，一手持三角瓶，利用手指调控使培养皿上盖开启约1～2厘米，倒入培养基液体约10～20毫升，盖严。将培养皿平置，冷却后成一光滑平面，俗称平板。平板冷却至30℃以下时，接入待脱毒菌种。接种方法：挑取米粒大小的一块种源，接入平板边缘。接种后置于规定温度下培养〔视品种调控温度）。当菌丝萌发至最长为2厘米时，用尖刃接种工具切取菌丝尖端1毫米左右，接入新制平板上。此为1次脱毒。一般可连续脱毒3～4次。脱毒次数越多，脱毒效果就越有保证。
2.原基组织脱毒技术
该技术最大程度革除了原有组织分离时子实体处于生长中后期，携带病毒、病菌可能性极大等弊端，真正实现了分离尖端组织的脱毒目的。具体操作为：
常规配制基料，调破氮比为30∶1。碳氮比不可小于25∶1，以免菌丝过度旺盛生长结成菌皮，不易现原基。大口罐头瓶洗净、备用。准备数块又11厘米×11厘米的纯棉纱布。装料至瓶口下1厘米时，从瓶口处铺上一层纱布，用平口螺丝刀将纱布边缘插至瓶下，使之紧贴瓶劈。封口灭菌、接种、培养等操作按常规进行。待菌丝发满瓶后，施行温差、湿差、光照等刺激，一般约7天即可现出原基。此时原基的形态是白疙瘩。待原基高至1厘米时，即可进行脱毒分离。
将菌瓶用75％酒精擦洗后，移入已消毒的接种箱，箱内不再进行常规熏蒸。同时准备接种针（或接种钓）、多个刀片（以备交替使用），与菌瓶一同放入接种箱中，喷洒新洁尔灭以确保无菌操作。两手用75％酒精擦洗，伸入接种箱，将刀片进行灼烧灭菌后手持冷却。打开菌瓶封口，两手配合用无菌镊子取出原基。由于料面覆盖一层纱布，故不会将基料带出，操作方便。用刀片将原基表层削去约1毫米，然后用尖刃刀片将原基划切，使每块大小1毫米2左右。用接种针将分离的原基块移入平板或大型试管进行常规培养。操作要点：一是用刀片进行削、切时，每切一刀须更换一次刀片；二是分离块接入时须靠边缘投放，可接在平板的边缘或试管的最前部，一般不居中接入。
