目前，保护地蔬菜栽培时间较长，一次性投资比较大，菜农往往一味追求经济效益，茬口多，复种指数高，布局单调，品种单一，加上连年大量施入化肥，出现生育异常，产量逐年下降，病虫害逐年加重，甚至不能再继续生产，这就是土壤连作障害，严重制约了保护地蔬菜的可持续性发展。
一、连作障害产生的原因：
1、土壤盐分积累：在保护地生产中，由于一次施用化肥太多，或连续大量施入化肥，作物吸收不完而将多余的肥料残留在土壤中，导致土壤溶液浓度增加，日积月累，使土壤产生次生盐渍化。
2、自害物资积累：根系生长过程中分泌的有毒有害物质得到积累，就会对其生长产生毒害作用。并在同种分泌物下，有些土壤微生物就可能大量繁衍，有些可能被抑制，解除了菌群和菌群之间的相互抑制作用，不利于土壤的熟化和肥料养分的分解，从而导致土壤性能恶化。
3、土传病原菌积累：连作会使同种或同类蔬菜土传病害的病原菌在土壤中越积越多，导致病虫害加重，如枯萎病、霜霉病、叶霉病、灰霉病、根腐病等，从而使生产者只能加大药量和频繁用药来控制，造成对环境和蔬菜的严重污染。
4、土壤中某些营养元素缺乏：由于蔬菜对土壤养分吸收的选择性，单一茬口，易使土壤中矿质元素的平衡状态遭到破坏，营养元素之间的拮抗作用受到影响，容易出现缺素症状，最终使生育受阻，产量和品质下降。
二、防止连作障害的途径：
1、选用抗病品种：主要选用一些优质、高效、抗病品种。
2、清洁田园：田间杂草和残体是一些病害的初次浸染来源，把初发病的叶片、果实或植株及时摘除或拔除集中烧毁或深埋。
3、淋水洗盐：一年中选雨季，揭除顶膜，使土壤接受雨水的淋洗，将土壤中盐分冲洗掉，必要时，可在棚室内灌水排盐。
4、更换土壤：对于土壤盐渍化严重，或土传病害严重情况下，可采用更换客土的方法，一般苗床土壤采用此方法。
5、严格轮作：一般同类蔬菜要进行间隔2―4年种植，就是不同科蔬菜进行轮作。
6、采用嫁接换根栽培技术，是克服土传病害的有效途径。
7、无土栽培：无土栽培是从根本上解决连作障害的方法，有条件的地区和个人可以采用。
8、科学施肥：增施有机肥，提高土壤有机质含量和保水保肥性能；有机肥和化肥混合施用；氮磷钾及微量元素合理配合。
