西葫芦病害在温室栽培中主要有灰霉病、白粉病、病毒病等。
一、灰霉病：
灰霉病是越冬茬和秋冬茬温室西葫芦栽培中的主要病害，危害极大。主要危害幼瓜。病菌从开败的花侵入，长出灰色霉层后，直侵入瓜条，造成脐部腐败。被危害的瓜条脐部变黄变软，萎蔫腐烂，病部密生灰色霉层。茎、叶接触病瓜后也可发病，大块腐烂并长有灰绿色毛。西葫芦灰霉病与化瓜在潮湿状况下的症状很相似，需详加分别，以免贻误防治时机。
防治 ：
起垄覆盖，膜下暗灌，通风排湿，降低空气湿度。加强田间管理，防止植株生长过旺和徒长，培育健壮植株。激素沾花时加入速克灵进行预防。病害初起时用10%速克灵粉尘剂每亩1公斤喷粉，或用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液喷雾。每7天1次，连喷3～4次。
二、白粉病：
苗期至收获期均能发病。主要危害叶片，茎蔓次之。发病初期叶面或叶背产生近圆形白色小粉斑，其后发展成边缘不明显的连片白粉，严重时全叶布满白粉，发病后期白粉变黑。
防治：科学管理，避免干旱或干湿不均，培育健壮植株，发病初期用20%粉锈宁2000倍液，或50%甲基托布津600倍液，或农抗120杀菌剂100ppm进行叶面喷雾，也可用百菌清烟剂或粉锈宁烟剂熏蒸。
三、病毒病：在西葫芦整个生育期均可发病，主要危害叶片和果实。叶片受害后呈系统花叶或系统斑驳，重病株上部叶片呈鸡爪状，上具深绿色疱斑。果实受害导致畸形果，果面具瘤状突起而凹凸不平。病株矮小，结果少，甚至不结果。
防治：如提倡利用保护地栽培，提早播种或定植，可有效防止病毒病的危害；彻底铲除田间地头杂草，避开越冬蔬菜，及时防治蚜虫，防止蚜虫传毒；苗期喷施83增抗剂100倍液，提高幼苗对病毒的抗性；发病初期喷施20%的病毒A可湿性粉剂500倍液或1.5%的植病灵乳剂1000倍液，隔10天左右1次，连续防治2-3次。
