番木瓜周年开花结果，所需大量和微量元素养分必须充足。据广州市果树所介绍，在营养生长期氮、磷、钾的比例是5∶6∶5，生殖生长期为４∶８∶８，而台湾推荐的比例为４∶８∶５。整地时将腐熟有机肥施入定植穴，每亩用100公斤，定植后10―15天开始薄施促生肥，以后两个月内每隔10―15天施肥一次，以速效肥为主，由薄施到多施，由稀到浓。春植树５―８月是施肥最关键时期，早熟种一般24―26片叶就现蕾（45―50天），现蕾前后要及时施重肥，供花芽形成需要，仍以氮肥为主，适当增施磷、钾肥。８月底前要把全年肥料的80％施下，９月份以后，主要施壮果肥，此时进入盛花着果期，增施重肥，以满足基部果实发育和顶部开花着果的需要。６月挂果的番木瓜在６―10月每月施重肥一次，要求氮、磷、钾含量较高，每次每株施氮磷钾复合肥100―300克，开花前每株加施20克硼砂。８月还应加施有机肥，如沤熟的花生麸，有利于提高果实品质。为了保证种子发育需要的养分，应重视磷、钾肥的施用。据广东经验，每公顷果园年产果45吨，则每亩要施土杂肥3000公斤、水粪4000公斤、尿素20公斤和复合肥80公斤。
在台湾，番木瓜的施肥一般施基肥1000公斤／公顷。追肥则视实际需要，沙质地每１―1.5个月施肥一次，每次100―150克，壤土每２―３个月施一次，每次200―300克，即每株每年约1.25公斤。幼年树采用环状沟施，结果树采用条沟施或畦沟撒施。印度的研究结果，建议番木瓜单株年施氮200克、五氧化二磷300克、氧化钾600克可获较佳产量，而果实品质以氮200克、五氧化二磷200克、氧化钾200克较好。有机肥的年施用量，推荐为氮15克／株，折合腐熟猪粪５公斤／株，或牛栏肥４―６公斤／株。巴西推荐氮肥每年每株施343克。在哥伦比亚，番木瓜在移植后４个月内，每月施氮一次，每株分别为10、10、20和30克，随后每两个月一次，每次均为50克，年氮总施用量为366公斤／公顷，产量每株可达66公斤，即每公顷110吨。
