棉花苗期主要病害有立枯病、炭疽病、红腐病、猝倒病、黑斑病、茎枯病等，应采取综合措施防治。
改良土壤 通过增施有机肥、推广秸秆还田、精耕细作等措施培肥地力，改良土壤，能有效控制苗期病害。实践表明，棉花秸秆还田能提高棉田有机质和钾元素含量，抑制和减轻苗期病害发生。
选用良种 选用抗病品种，同时用25克／升咯菌腈悬浮种衣剂包衣，能预防苗期病害。
适期晚播 地温稳定在14℃以上时播种，今年气候反常，气温偏低，应比常年推迟5—10天播种。适期晚播能降低苗期病害发生，还能预防早衰和烂铃。
合理化除 播前每亩用48％氟乐灵乳油60—72毫升(地膜覆盖棉田每亩用50毫升)，施药后混土。连年使用氟乐灵的棉田应更换其他除草剂，防止药害发生，加重苗期病害。使用90%乙草胺乳油，每亩用量控制在50—60毫升，在播后苗前施用，地膜覆盖棉田不宜施用。播前或播后苗前每亩用33％二甲戊灵乳油66—100毫升，该药对阔叶草防效差，阔叶草多的田宜将其与其他药混用。72%异丙甲草胺乳油每亩用量为100毫升，播后苗前施用，土壤干旱时需浅混土。
加强田管 出苗前后加强以中耕松土为重点的田间管理，增温保墒，减轻苗病危害，雨后注意划锄。地膜覆盖棉及时放苗压土堵漏洞，防止大风掀膜。病害严重地块早间苗(1叶l心期)晚定苗(3叶期后)，确保苗全、苗壮。
药剂防治 棉花苗期病害有2个发生高峰期，即棉苗l叶期和3叶期，应及时预防，通常每亩用85％三氯异氰尿酸可湿性粉剂35克加水喷雾。病害发生初期可用50%多菌灵可湿性粉剂、70%代森锰锌水分散粒剂、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500—800倍液喷雾。早期发生枯萎病可用新克黄枯等黄腐酸盐类叶面肥喷雾，增强植株抗病能力。用10亿个活芽孢／克枯草芽孢杆菌可湿性粉剂500倍液灌根，对苗期病害有较好的防效。
