小麦全蚀病多由种子带菌或土壤带菌所致。小麦播种后，在11月病菌开始浸染小麦根部，提前进行预防和关注小麦全蚀病的动态，是非常重要的。
轮作倒茬经调查，不同的种植类型，小麦全蚀病的发生程序存在着较大的差异，连作麦田病害重，尤以小麦—玉米—小麦连作田最重；因为玉米是小麦全蚀病病菌的寄主，为小麦全蚀病的传播起到了桥梁的作用。从国外资料看，通过轮作可控制小麦全蚀病的发生，特别是与非禾本科作物轮作可有效减轻或控制小麦全蚀病的发生，因为小麦全蚀病病菌不易在非禾本科作物上寄生。推荐轮作方案：小麦—山芋—油菜—花生—小麦；小麦—大豆—冬闲—棉花—小麦；小麦—芝麻—油菜—夏玉米—小麦。因全蚀病菌在土壤中的存活期超过1年，故轮作年限在1年以上才会有效。
化学防治
由于小麦全蚀病不是一次性发病，它受区域、气候、温度、地理环境、种植年限、小麦品种、所施肥料品种和数量等综合因素的影响，发病程度和范围较难预测。小麦全蚀净是从小麦内部进行调控，减少小麦全蚀病病菌侵入，可以有效地控制小麦全蚀病病菌的增殖，增强小麦抗性，提高小麦的免疫功能，有效防治小麦全蚀病的危害。拌种处理：通过拌种处理可以有效地杀灭种子表面和种子周围土壤中的病菌。用小麦全蚀净每瓶（100毫升）拌种15-20公斤，搅拌均匀后晾干即可播种。叶喷防治：对全蚀病高发区，在小麦拔节后要对小麦进行预防，在小麦抽穗后至灌浆期是小麦全蚀病发病最佳时机，要特别注意预防和控制。在小麦拔节期、抽穗期和灌浆期，可以用小麦全蚀净喷洒小麦1-2次，喷洒浓度是每20-25克小麦全蚀净对水15公斤，在药液中加入渗透剂或少量洗衣粉，以增强渗透性和展着性。在小麦灌浆期间如果遇到温度超过33℃的高温天气时，就要在药液中加入100克食用醋。
