我国各地气候不同，人民的生活习惯也不同，酿造出来的腐乳品质也必然不同，但其生产程序都是利用微生物的相互协同作用而进行发酵的，经过微生物产生的酶类(如蛋白酶、肽酶、淀粉酶及脂肪酶等)，把蛋白质转化成可溶性的低分子含氧化合物、氨基酸及脂肪等。
制作方法绍兴腐乳的生产工艺是以传统操作和科学技术相结合进行的。它采用优质黄豆作为原料，经严格筛选、风选、除杂去残；再经浸泡、冲洗、磨煮、滤渣、点浆、压坯、划坯成型(制成的半成品，要求色泽洁白，厚薄均匀，细软而有弹性)。再将白坯放入竹笼后喷洒万分之二的毛霉菌种(其中棋方腐乳不经毛霉发酵)；在20℃左右的气温下，经5天左右的前期发酵(随着气温的改变、发酵时间作相应调整)，毛霉生长较快，逐渐由白色转为黄褐色，孢子明显、菌丝粗壮，经显微镜检查无其他杂菌污染毛坯(或称酵坯)即可腌渍，加盐量为毛坯的30%，一层毛坯加盐一层，红方用人缸腌渍，醉方用竹箩腌渍、在室温20℃左右的情况下，经10天腌渍即成腌坯(碎方腌渍时间可适当缩短)。正常腌坯色泽黄亮、坚硬，四角方整，由毛霉形成一层表皮，即可装入坛中，进行后期发酵。入坛时加入佐料即黄酒30%、红曲浆5%，酱籽11%及花椒等，用荷叶封口后堆叠，在25～30℃环境下，经5～6个月即可成熟。正常成品外观紫红色，内呈酱黄色，质地细软，有腐乳特有芳香和含有较高的氨基酸态氮。
绍兴腐乳在生产中对所用的毛霉菌都经过严格检验，在无杂菌的情况下使用。对选择原辅料的优质，也都是很重视；腐乳装坛时添加的黄酒，是有名的绍兴老酒，能防止毛霉继续生长和杂菌污染。当然醇还可以和有机酸结合成酯类，增加腐乳的风味。用的盐是海盐，这种盐洁白、镁的含量少、无涩味，较鲜美能促进食欲，不过它还有一个重要的作用，那就是浸提结合于毛霉菌丝上的蛋白酶。还有腐乳在生产过程中用的是鉴湖水。据有关部门测定，鉴湖水是软水，淡水，它含有钙、钾等元素，还有微量的锂，这些化学成分也是提高腐乳质量的一个因素。为了保证产品质量，绍兴腐乳在生产过程中还自制优质红曲和面酱，作为产品的辅料。
