第二十一条 禁止无证或者未按许可证的规定生产经营菌种；禁止伪造、涂改、买卖、租借《食用菌菌种生产经营许可证》。
第二十二条 菌种生产单位和个人应当按照农业部《食用菌菌种生产技术规程》生产，并建立菌种生产档案，载明生产地点、时间、数量、培养基配方、培养条件、菌种来源、操作人、技术负责人、检验记录、菌种流向等内容。生产档案应当保存至菌种售出后2年。
第二十三条 菌种经营单位和个人应当建立菌种经营档案，载明菌种来源、贮存时间和条件、销售去向、运输、经办人等内容。经营档案应当保存至菌种销售后2年。
第二十四条 销售的菌种应当附有标签和菌种质量合格证。标签应当标注菌种种类、品种、级别、接种日期、保藏条件、保质期、菌种生产经营许可证编号、执行标准及生产者名称、生产地点。标签标注的内容应当与销售菌种相符。
菌种经营者应当向购买者提供菌种的品种种性说明、栽培要点及相关咨询服务，并对菌种质量负责。
第四章 菌种质量
第二十五条 农业部负责制定全国菌种质量监督抽查规划和本级监督抽查计划，县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责对本行政区域内菌种质量的监督，根据全国规划和当地实际情况制定本级监督抽查计划。
菌种质量监督抽查不得向被抽查者收取费用。禁止重复抽查。
第二十六条 县级以上人民政府农业行政主管部门可以委托菌种质量检验机构对菌种质量进行检验。
承担菌种质量检验的机构应当具备相应的检测条件和能力，并经省级以上人民政府有关主管部门考核合格。
第二十七条 菌种质量检验机构应当配备菌种检验员。菌种检验员应当具备以下条件：（一）具有相关专业大专以上文化水平或者具有中级以上专业技术职称；（二）从事菌种检验技术工作3年以上；（三）经省级以上人民政府农业行政主管部门考核合格。
第二十八条 禁止生产、经营假、劣菌种。
有下列情形之一的，为假菌种：（一）以非菌种冒充菌种；（二）菌种种类、品种、级别与标签内容不符的。
有下列情形之一的，为劣菌种：（一）质量低于国家规定的种用标准的；（二）质量低于标签标注指标的；（三）菌种过期、变质的。
第五章 进出口管理
第二十九条 从事菌种进出口的单位，除具备菌种生产经营许可证以外，还应当依照国家外贸法律、行政法规的规定取得从事菌种进出口贸易的资格。
第三十条 申请进出口菌种的单位和个人，应当填写《进（出）口菌种审批表》，经省级人民政府农业行政主管部门审核，报农业部审批后，依法办理进出口手续。
菌种进出口审批单有效期为3个月。
第三十一条 进出口菌种应当符合下列条件：（一）属于国家允许进出口的菌种质资源；（二）菌种质量达到国家标准或者行业标准；（三）菌种名称、种性、数量、原产地等相关证明真实完备；（四）法律、法规规定的其他条件。
第三十二条 申请进出口菌种的单位和个人应当提交下列材料：（一）《食用菌菌种生产经营许可证》复印件、营业执照副本和进出口贸易资格证明；（二）食用菌品种说明；（三）符合第三十一条规定条件的其他证明材料。
第三十三条 为境外制种进口菌种的，可以不受本办法第二十九条限制，但应当具有对外制种合同。进口的菌种只能用于制种，其产品不得在国内销售。
从境外引进试验用菌种及扩繁得到的菌种不得作为商品菌种出售。
第六章 附则
第三十四条 违反本办法规定的行为，依照《中华人民共和国种子法》的有关规定予以处罚。
第三十五条 本办法所称菌种种性是指食用菌品种特性的简称，包括对温度、湿度、酸碱度、光线、氧气等环境条件的要求，抗逆性、丰产性、出菇迟早、出菇潮数、栽培周期、商品质量及栽培习性等农艺性状。
第三十六条 野生食用菌菌种的采集和进出口管理，应当按照《农业野生植物保护办法》的规定，办理相关审批手续。
第三十七条 本办法自2006年6月1日起施行。1996年7月1日农业部发布的《全国食用菌菌种暂行管理办法》（农农发[1996]6号）同时废止，依照《全国食用菌菌种暂行管理办法》领取的菌种生产、经营许可证自有效期届满之日起失效。
