低聚糖最为重要的作用是活化肠道内双歧杆菌，并促进其生长繁殖，同时抑制肠道中的致病如拟杆菌等的生长，而且只要很少量的低聚糖（10－15g/d）就能产生很好的效果。双歧杆菌正常繁殖可以产生以下的功能：
（一） 抗衰老、微生物屏障
婴幼儿肠道中双歧杆菌数最多，特别是用母乳喂养的婴儿，双歧杆菌数占90％以上，是抵御疾病的微生物屏障。然而随着年龄的增长，饮食、疾病、气候、使用抗生素、手术等外界因素的影响，肠内双歧杆菌数会减少，甚至消失。有益菌消失，有害菌就增长，二者消长导致身体处于衰老或“亚健康”甚至生病的状态。长寿老人肠道中的双歧杆菌数与衰弱老人数量差别悬殊，前者接近年轻人，后者急剧下降，甚至不能检出。因此双歧杆菌的数目与衰老程度有关，亦是人体是否健康的重要标志。
（二）润肠通便、抑菌、防癌和抗癌
便秘，对人体健康危害很大，粪便在肠内滞留时间过长，肠内腐败菌产生腐败物质氨、硫化氢、吲哚、亚硝胺、内毒素，不仅易诱发结肠癌，被机体吸收进入血液遍布全身后，可导致头晕、乏力、失眠、色素沉积、诱发老年痴呆等症，亦可影响小儿智力发育，粪便干硬、排便困难、排便时用力，可导致肛裂、痔疮、妇女子宫下垂，对肝硬化、高血压、冠心病人会造成生命危险。肠内双歧杆菌的增加，产生大量有机酸；乳酸、醋酸、降低肠腔内pH，增加粪便湿度，刺激肠道蠕动，改变大便次数与性状来预防便秘，而且这些酸也能抵御病原菌感染，抑制肠内腐败物质、诱癌物质形成，可起到防癌作用，更能治愈顽固性慢性肠炎、下痢。
（三）合成维生素及氨基酸，提高免疫力
双歧杆菌合成多种B族维生素（B1、B2、B6、叶酸等）及维生素K、尼克酸等，有资料报道它每克干细胞含维生素B1、100mg，维生素B22.5mg，培养液中每升含维生素B12.5-250mg，维生素B2100mg，维生素B6100mg，尼克酸400μg。它是人体除食物中摄取外源维生素外，主要依靠双歧杆菌合成提供的，双歧杆菌还能抑制分解硫脲素（维生素B1）芽孢杆菌的生长，防止维生素B1的流失。它可也合成氨基酸类物质被肠道吸收利用，提高免疫力。而且有报道说双歧杆菌还能增强免疫球蛋白A抗体的产生，激活巨噬细胞吞噬活性，提高机体抗感染力。预防、抑制和杀死肿瘤细胞。
