风险投资的运作程序通常包括三个阶段：1、项目筛选、评价并作出投资决策；2、经营和管理投资项目；3、投资退出。具体运行程序如下:
一、项目筛选
选择什么样的项目或公司进行投资是风险投资家最为关心的，同时也是衡量投资家眼光和素质的重要指标。风险投资家在分析某个投资建议是否可行时往往依次分析人、市场、技术、管理。
首先分析的“人”是指创业者的素质，需要从各个不同角度对该创业者或创业者队伍进行考察。如：技术能力、市场开拓能力、融资能力、综合管理能力等。
其次分析的是市场，因为任何一项技术或产品如果没有广阔的市场前景，其潜在的增值能力就是有限的，就不可能达到风险投资家追求的将新生公司由小培养到大的成长目标；风险投资通过转让股份而获利的能力也就极为有限，甚至会造成失败。
再次需考察产品的技术，判断风险企业（项目）中技术是否首创、未经试用或至少未产业化，其市场前景或产业化的可能性如何。通常情况下，许多风险投资机构会选择他们熟悉的领域进行投资。
管理是企业的灵魂。风险投资公司宁可选择一流管理、二流技术的风险企业，也不选那种技术领先、管理混乱的企业（除非他们能听从劝告，放弃某些职务而专营其最擅长的工作）
二、责任审查或专业评估
经过筛选阶段的备选企业（项目）还需进行深入、复杂且耗时的专业评估，评估结果将决定是否投资、如何投资以及投资多少。此过程由风险投资家或外请专家进行，评估小组通常包括会计师和律师在内。
评估内容主要有：
创业家和管理队伍的素质，包括事业心、动力、信誉,创造性等; 产品歧异性，包括特性、价格和分销渠道等；技术水平和竞争能力； 市场潜力； 撤出渠道和撤出方式。
三、交易条款构思与谈判
交易谈判是协调风险投资家和科技创业者双方的不同需求，对交易结构进行的谈判。在谈判中风险投资家主要考虑相对于投资的风险赚取合理的回报、对风险企业施加足够的影响、在任何情况下都要保证投资顺利撤出；而科技创业者更关心对风险企业的领导权和企业未来的发展前景。
风险投资者与创业者谈判的主要内容包括：
金融工具的种类、组合以及资本结构。 交易定价。确定企业控制权、对未来融资的要求、管理的介入和资金撤出方式的安排等内容。
四、经营管理
风险基金或风险投资公司有别于传统金融机构的最重要特征之一是风险投资家具有在投资之后介入风险企业经营管理的意愿。风险投资家本身一般是企业管理的专家或与专家有着广泛的联系，特别是在财务、营销方面对风险企业提供强有力的支持；另外，与金融机构的密切关系也为风险企业追加融资提供了来源。
五、投资退出
经过3－8年的运作，风险投资公司可将自己所占股份增值转让，使风险投资获得最大限度的回报。
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