二板市场为投资者提供了一条高风险、高收益的投资渠道，其运作理念就是"买者自负"，一切风险由投资者自行承担。
1、 信息不对称的风险
二板市场的上市公司以中小高科技、高成长型企业为主，特别是中小高科技企业，其业务通常处于初创阶段，而且有的企业属于新兴行业，这些信息投资者很难充分掌握，更难把握企业未来发展的前景。在不了解上市公司的情况下就盲目投资，则会面临较大的风险。
2、 技术分析指标"失灵"的风险
在传统经济领域，投资者可以借助现成的各种技术手段来预测股票的走势，但是，二板市场上的高成长型公司，可能会走出在主板市场难以想象的大行情或交投"超级"清淡，传统的技术分析指标对此可能出现"钝化"与"失灵"等现象，投资者依此操作可能产生误判。
3、 市场过度投机风险
由于二板市场上市公司股本规模普遍偏小，流通股份就更小，因此，股价极易被人为操纵；二板市场上市公司的股份在一定时期后可以全流通，这种股本结构及股份性质为二级市场并购行为的发生创造了先天的优越条件，从而引起股价的大幅波动；在二板市场运行初期，上市公司数量较少，市场资金供给又十分充裕，二板市场极有可能整体出现过度投机的现象。
针对二板市场投资者面临的三个风险，投资者可以选择的方案有三种：（1）根据自身的情况，借助各种专业的研究报告和市场评论，通过提高自身的判断能力来适应新市场中的新问题，选择投资自己熟悉的股票，切忌盲目跟风；（2）分析自身的实力，判断可以承受的风险。如果资金实力强，则可以选择承受较大的风险；（3）通过投资证券投资基金，间接投资二板市场上市公司。投资基金的经理人均为行业内专业人士，根据投资基金的偏好与特长，他们选股的范围只限于自身能够判别的企业，而且通过投资组合可以有效地规避风险，所以购买证券投资基金不失为稳妥的选择。
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