审查程序中申请人可能遇到的主要手续分两类：一类是法律规定或者专利局指定申请人应当办理的申请审批手续，无正当理由不办理或者逾期办理的，申请将被视为撤回。这些手续主要有：提出实质审查请求、答复专利局的各种通知书、缴纳申请维持费；另一类是申请人可以依据法律规定，视需要选择办理的请求手续。这一类手续如果不符合要求，专利局可作出手续视为未提出处理，一般不会涉及申请本身。这些手续主要有：对申请文件的主动修改和补正、要求提前公布请求、著录项目变更申报和延长期限请求。以下对这几种手续分别进行说明：
1.提出实质审查请求
只有发明专利申请需要办理这一手续。
实审请求可以在申请的同时提出，也可以在申请后提出，但最晚应当在自申请日起3年之内提出，无正当理由逾期未提出的或者因手续不合格被视为未提出的，申请将被视为撤回。专利局认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查
提出实审请求的应当提交单独的实质审查请求书。
提出实审请求只有缴纳实质审查费后才生效。但是提出实审请求后，未缴纳实审费的，专利局并不马上发出实审请求视为未提出的通知，而是等待自申请日起满3年，若申请人仍未缴纳实质审查费或未缴足时，发出申请视为撤回的通知。
申请人提出实审请求并缴纳实质审查费的，专利局将对实审请求进行审查，如果不符合要求的，将视情况发出实审请求视为未提出通知或补正通知，并写明不合格原因。申请人收到补正通知的，应当在审查员规定的期限内补正。申请人收到实审请求视为未提出通知的，应当在自申请日起3年内重新提交符合要求的新的实审请求书。实审请求经审查合格的，专利局将在专利公报上予以公布。期满未补正或者补正仍不符合要求的，专利局将作出视为未提出实质审查请求通知，并通知申请人。
实质审查请求合格，在进入实质审查前，审查员将发出进入实质审查程序通知书，通知申请人。
申请人在提出实质审查请求的同时，应当提交申请日以前(要求优先权的在优先权日以前)与其发明有关的参考资料。该发明专利已在外国提出过申请的，专利局可以要求申请人在指定期限内提交该国为审查其申请进行检索的资料或审查结果的资料；无正当理由逾期不交的，该申请即被视为撤回。
在提出实审请求时以及在收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起的3个月内，申请人可以对发明专利申请主动提出修改。
在初步审查或者实质审查程序中，审查员发现申请存在明显性缺陷、格式缺陷、或者实质性缺陷时，应用补正通知书或者审查意见书的形式，通知申请人在指定的时间内对申请进行补正、修改或者对审查员指出的缺陷陈述意见。申请人对此必须答复，无正当理由不答复的，申请将被视为撤回。申请人答复时应当注意以下各点：
(1)遵守答复期限，逾期答复和不答复后果是一样的。除发明专利申请第一次初审查意见通知书的答复期限为4个月外，其它通知书的答复期限一般为2个月，但是特别简单的手续或者为了加快程序，审查员也可以只给1个月的答复期限。申请人应当注意审查员指定的期限，并按照通知书右上角专利局盖的发文日期章，推算出答复的最后日期。答复的最后日期=发文日期+15天+指定期限；申请人计算期限时，应当注意实施细则第6条的有关规定。
申请人在期限内因故不能按期答复的，应当在期限届满前办理延长期限手续。
(2)针对审查意见通知书提出的问题，分类逐条答复。申请人漏答复某一方面或者某一条审查意见的，有可能被视为未按期答复，导致申请被视为撤回。答复可以表示同意审查员的意见，按照审查意见办理补正或者对申请进行修改；也可以不同意审查员的意见，并对此进行申辩和陈述申请人的意见及理由。
属于格式或者手续方面的缺陷，一般可以通过补正消除缺陷；明显性缺陷一般难以通过补正或者修改消除，多数情况下只能就是否存在和属于明显性缺陷进行申辩和陈述意见，例如：发明创造不属于专利保护的对象，发明创造违反国家法律妨害公共利益等；实质性缺陷分两类，有些可以通过修改消除缺陷，如权利要求撰写方面的缺陷、单一性方面的缺陷；有些却难以修改，如说明书没有充分公布，新颖性、创造性、实用性方面的缺陷。
(3)对发明或者实用新型专利申请的补正或者修改均不得超出原说明书和权利要求书记载的范围，对外观设计专利申请的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。否则，申请可能会被驳回。
(4)答复应当按照规定的格式提交文件。如补正应当有补正书，修改或陈述意见应当有意见陈述书。补正内容，除在补正书上填明补正情况外，还应当提交替换页。例如，审查员在补正通知书中要求重新打印说明书第二页，申请人在补正时，应当提交补正书和重新打印清楚的说明书第二页。在补正书的“文件名称”栏目中填写“说明书”，在“页”栏目中填写“P，2”在“补正前”栏目中填写“不清楚”在“补正后”栏目中填写“重新打印”。
替换页应当订在意见陈述书后面。
申请人使用补正书还是意见陈述书，应当根据审查员要求选用。一般补正形式问题或手续方面的问题使用补正书，修改申请的实质内容使用意见陈述书，申请人不同意审查员意见，进行申辩时使用意见陈述书。
3.缴纳申请维持费
这项手续只有发明专利申请需要办理。
发明专利申请自申请日起满2年尚未被授予专利权的，自第三年度起申请人应当缴纳申请维持费。各年度的申请维持费应当在申请人办理登记手续时一并缴纳，授予专利权的当年不包括在内；对于没有授予专利权的申请，无需缴纳申请维持费。
年度是以申请日为起点计算的。例如：某件申请的申请日为1988.5.12，则从1988.5.12为第一年度，从1989.5.12~1989.5.12为第二年度，从1990.5.12~1991.5.12为第三年度，以此类推。若该申请到1990.5.12尚未被批准，则从第三年度起应缴纳申请维持费。
申请维持费按照规定可以请求减缓。
4.请求提前公布
请求提前公布是申请人可以视情况选择的一项手续，它只适用于发明专利申请。
专利法规定：发明专利申请按正常程序应当在申请日以后满18个月才予以公布。公布以后申请人可以获得临时保护的权利，申请的内容将成为现有技术的一部分。申请人出于下列种种考虑，可以请求提前公布其申请。
(1)为了尽快将发明推向市场，寻找合适的买方，需要尽早公布发明内容。
(2)为了制止他人无偿利用其申请专利的发明，需要及早获得临时保护。
(3)在提出实审请求以前，获得一段尽可能长的时间来听取市场和公众的意见，以便定是否提出实审请求。
申请人请求提前公布的应当提交“要求提前公布声明”一式两份，并写明要求提前公布申请的申请号、发明名称和其他必要的著录项目。要求提前公布声明应当有申请人签章，委托专利代理的可以由专利代理机构签章，多个申请人又未委托专利代理的，可以由申请人代表人签章。申请人提出提前公布声明不能附有任何条件。
提前公开声明经审查合格，专利局将在申请文件初审合格以后立即进入公布准备程序。此时申请人要求撤销提前公开的，申请人要求撤销提前公开的请求被视为未提出，申请文件照常公开。
5.对申请文件的主动修改和补正
对申请文件的主动修改和补正也是申请人可以视需要选择的一项手续。
申请文件存在各种缺陷时，申请人可以主动提出补正或者在实施细则规定的时间内主动提出修改。补正主要是对申请存在的形式或格式上的缺陷，或者手续上的缺陷进行补正。例如：原文件未使用专利局制定的统一表格，可以主动补正提交合格的文件；原请求书未签章，可以通过主动补正提交经签章的请求书；申请委托有专利代理机构的，若申请时未提交专利代理委托书，可以主动补正提交专利代理委托书。
修改主要是指对申请内容的修改。实用新型和外观设计专利申请只允许在申请日起3个月内，提出主动修改；发明专利申请仅允许在提出实审请求时以及在收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起的3个月内和答复审查员的第一次审查意见书时，可以对申请文件进行主动修改。在上述规定期限之外提出的主动修改，专利局将作出视为未提出的处理。
对请求书的修改要通过专门的著录项目变更手续进行，不能按照这里所说的主动修改的手续办理。
对权利要求书的修改应当以说明书为依据。申请人可以修改权利要求的前序部分，也可以修改其特征部分，使其更准确地与发明内容相适应或更符合逻辑。为了使专利申请符合单一性的要求或加强保护，申请人也可以增删权利要求书中的权利要求。
对说明书的修改一般来说主要限于非实质性的部分，例如，发明名称、背景技术、发明所属的技术领域、图面说明和摘要等。这些部分可以根据说明书实质部分的内容作修改，使其与发明主题更适合，使公众与审查员更容易理解发明。对说明书实质部分即发明目的、技术解决方案、效果和实施例的修改一般是不允许的，只有在很特殊的情况下可以考虑。例如，发明目的与技术解决方案明显不相适应，可以依据技术方案对发明目的作适当修改；在申请不符合单一性的情况下，修改说明书，使其符合单一性的要求；将申请时仅写在权利要求书中的内容补写到说明书中等。
任何主动修改或补正都不得超出原申请记载或表示的范围。主动修改或补正能否被接受由收审查员决定。主动修改或补正应使用意见陈述书或补正书，说明修改
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