我国烘焙食品企业大多数为作坊式企业，企业多采用“前店后厂”的模式经营，从业者的素质参差不齐，缺乏先进的生产技术和设备，导致生产效率低、生产成本偏高、产品质量不稳定。
食品安全问题频出也是我国烘焙食品行业存在的问题。烘焙食品由于富含碳水化合物、蛋白质、脂肪、氨基酸、矿物质、维生素等营养成分，从生物学角度来说，是一种良好的营养源，非常适合细菌、霉菌、酵母菌等微生物生长繁殖。由于很多烘焙食品加工企业的生产以手工方式进行、自动化程度低，缺乏先进的生产工艺和动态杀菌消毒设备，且企业经营者和操作人员的卫生质量意识差，往往导致产品的质量出问题，如产品烤焦或没有烤熟、开裂、标签错误、防腐剂超标、微生物含量超标、发霉变质。特别是产品发霉变质的问题多次发生在不同企业生产的烘焙食品之中，人吃了发霉变质的蛋糕、面包等烘焙食品，会引发食物中毒事故，有的会致人死亡。
要解决我国烘焙食品行业存在的问题、推动烘焙食品行业健康发展，必须采取积极有效的创新措施：
一是加大对生产工人的技能培训。人是最活跃的生产要素，只有提高了人的素质，才能做好工作。烘焙食品企业应从焙烤基础知识、原辅料应用、工艺操作规程等方面，对生产工人进行培训。
二是提高员工的待遇，让员工分享企业发展带来的利好，以提高员工的积极性。同时，企业应定期了解员工的思想和心理状态，对情绪烦躁、怨天尤人、三心二意的员工应进行心理干预，以提高员工的抵抗压力的能力，让员工有一个良好的工作和生活的心态。另外，企业还应采取亲情化管理模式，营造一个温馨和谐的工作环境，让员工有一种稳定感和归属感。
三是采用现代管理模式，制定科学的生产经营制度，以制度来规范员工的行为和企业的运作，而不是靠企业负责人的随心所欲来管理企业。
四是采用先进的生产技术和设备，以实现“节能降耗”的目的。如在烘焙食品生产中，采用微波设备进行熟化、杀菌，具有生产效率高、杀菌速度快、清洁环保的优点，并可有效降低能源消耗。
五是改善生产环境的卫生状况，采用双核臭氧杀菌技术、动态消毒技术，消除生产车间内的微生物污染，从而提高烘焙食品的安全质量。
