补充“益生菌”的思路是直接吃进活的细菌，类似于空投一些“好细菌”来抑制“坏细菌”。而补充“益生元”的思路则是，通过提供有益细菌喜欢的食物来扶持它们，从而压制有害细菌。
益生元是这样一种物质：它是一种膳食补充剂，通过选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性，而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康。益生元在通过消化道时，大部分不被人体消化，而是被肠道菌群吸收。最重要的是，它只是增殖对人体有益的菌群（益生菌），而不是增殖对人体有潜在致病性或腐败活性的有害菌。
通过对益生菌的全面了解，可以总结如下，一般益生菌应在医生指导下服用，大多使用时间为1～2周，对于年龄小、体质弱、腹泻迁延不愈或有严重过敏现象的也可以使用1～2个月。儿童的健康状态是依靠营养、护理等综合因素调整，而不能依赖药物。事实上，国外研究已经有因使用益生菌制剂不当引起的过敏反应的报道，益生菌制剂不宜跟一些药物（如抗生素）联合使用。所以，单纯为保健的目的，不建议给孩子长期使用益生菌制剂。
