据报道，我国医药冷链物流最突出的问题主要有两个方面：一是除了制药企业发运以外，大量冷藏品在商业环节缺乏有效的冷链运输条件。许多企业托运冷藏品，一旦涉及到多家物流公司之间的分驳作业，药品在托运终端就很难再保证冷藏运输条件。尤其是在冷藏品退货环节，即逆向物流阶段，冷藏条件几乎完全丧失，这可能带来严重的药品质量问题；二是我国医药公司普遍采取的小批量、多批次的发运方式，决定了其很难实现冷藏品的规模集运，这也给选择冷链物流公司带来了难题。
我国医药企业最头疼的一个物流管理问题就是冷藏品不好运输和托运。尤其是一些物流市场不发达的二线城市，社会物流企业普遍不具备冷藏品运输的条件，因此许多医药企业明确规定：冷藏品不得托运。这也体现出我国冷链物流落后制约我国医药配送业务发展的弊端。
据了解；在国外，许多制造、商业企业选择了冷链物流外包，将冷藏品的全程运输、配送业务外包给专业的物流企业，省时省成本，已经成为了一种普遍的选择。但是，国内大多数食品、医药等冷链需求方宁愿出重资自营物流体系，也不愿意、不放心外包给第三方物流企业。不光医药行业如此，即使我国发展相对成熟的乳制品、冰淇淋等行业，制造企业选择冷链物流外包的比重都不高。
这些情况是因为什么造成的呢？首先，冷链物流的整体投资跟普通货运相比，普遍要高。普通货运车上牌照最低10万元出头，但是冷藏车仅上牌照一项，平均单车成本至少要高2-3万元。因此目前国内专业的冷链物流服务商本身就不多，外包可选择的对象较少。其次，有些特殊行业，如医药流通业，有不少药品如人血制品等属于需要冷链物流特色储运条件的。但是长期以来，这些行业的冷藏品运输呈现多批次、小批量的特点，普通货运企业承接该种冷藏品托运业务是收不抵支。因此在这些行业，除了厂家发货以外，商业流通环节的冷藏品托运量并不大，许多医药公司自己就配有少量的冷藏车、冷藏包。
尤其是目前，制造企业考察第三方物流企业的重点，主要还是其物流网络是否健全，风险防范机制是否健全，价格是否优惠，而对配送工具的选择，主要以合同约定的方式进行。而国内专业的冷链物流企业本身就不多，可选择面实在太少。在上述背景下，中国特色医药冷链物流之路更是崎岖。
