关于长期食用转基因食品的安全性问题，在实验过程中，借鉴了现行的化学食品、农药、医药的验证系统，采取大大超过常规食用剂量的超常量实验，可以评价长期食用的安全性问题。如大鼠90天喂养实验，其实验时间相当于大鼠整个生命周期的八分之一，大鼠2年喂养实验是观察其整个生命周期的慢性毒性试验。在食品安全评价中是否需要进行慢性毒性试验，要根据亚慢性毒性试验的结果及是否有蓄积毒性来定。转基因食品与非转基因食品的区别就是转基因表达的目标物质，通常是蛋白质，只要转基因表达的蛋白质不是致敏物和毒素，它和食物中的蛋白质没有本质的差别，都可以被人体消化、吸收利用，因此不会在人身体里累积，所以不会因为长期食用而出现问题，蛋白质吃进去就消化掉了，不会长期保存在身体里。这和重金属污染是不一样的，重金属不能代谢掉，会逐渐累积，所以才会导致出现短期吃可能没问题，但长期吃可能会有问题的情况。人类食用植物源和动物源的食品已有上万年的历史，这些天然食品中同样含有各种基因，从科学发展的角度来看，转基因食品跟其他常规食品所含有的各种基因不存在差异，都一样被人体消化吸收，因此食用转基因食品是不可能改变人的遗传特性的。值得一提的是，1989年瑞士政府批准的第一个转牛凝乳酶基因的转基因微生物生产的奶酪，到现在已经有22年；1994年，转基因番茄在美国批准上市，迄今17年；1996年，转基因大豆(4677， 29.00， 0.62%)、玉米(2332， 7.00， 0.30%)和油菜大规模生产应用，迄今也有15年。这些产品经过大规模长期食用，没有发现食用安全问题。
