问题与争议
在有机食品运动开展较早的美国，有机食品和有机种植技术事实上一直存在争议。
一些人认为，并没有充足的科学证据表明有机食品比非有机食品更安全，这两种食品在营养价值上其实差别很小，甚至没有差别；更有人在权威杂志上撰文声称：有机食品运动实际上是利用“威吓和伪科学”误导公众，以使他们相信食用传统食品不安全。
有机耕作方式的批评者，并不认同有机耕作相对于传统农业的种种好处，反倒对其偏小的规模和低下的效率嗤之以鼻，对有机食品推崇者所强调的有机食品无杀虫剂这一优点也提出质疑。在他们看来，相关的法律法规已经对杀虫剂的用量做出严格限制，传统食品的安全性是有保障的，完全不必担心农药残留会造成什么不良影响。因此，花高价购买有机食品不值当，也毫无意义。
而有机食品在国外最不让人放心的一点，就是其中可能含有致病微生物——大肠杆菌O157：H7，它所引发的疾病，则是世界各国中最常见的食品相关疾病。传统农作物种植时所施加的杀虫剂，通常可以有效杀灭这类病原体，但“纯洁”的有机食品在生产过程中却没有这道工序，更别提有机农场惯用牛粪作肥料，牛粪中常常携带大量的大肠杆菌O157：H7。此外，有机食品生产过程的管理、产品的检测、标准的认定，都不太好把握。
“在支持和反对有机食品的人当中，都有一小部分狂热者过分夸大他们的观点。”美国学者大卫·E·牛顿在一部专著里给出了这样的评述。他指出，尽管可以制定各种政策支持或反对有机耕作及有机食品的销售，但目前来看，不管是争论的哪一方，都还缺乏足够的科学证据。因而在英国，利用广告宣传有机食品对健康的好处是被严格禁止的。
在我国，也有学者提出：有机食品只是富人的食品，如果中国只发展不施化肥、不用农药的有机农业，也许只能养活5%的人口。但是，也有一种观点认为，中国应该把更多精力放到追求生态完整与环境友好的生态有机农业的发展中去，这才是解决食品安全、农村生态和“三农”问题的根本之道、符合农业人口过于庞大的国情。
不管有着怎样的争论，但一个事实是：近些年来，追求安全、健康饮食的消费心理，一直在推动有机食品消费的增长。据统计，自20世纪中期起，美国有机及天然食品的总销量以20%多的年增长率速度增长，欧洲大体也是如此。在中国，有机食品也受到越来越多消费者的青睐，且增势不减。
